Jako jediný kandidát byl zvolen bez volebního klání a 3. prosince 1976 se stal irským prezidentem.
Po roce 1982 ho lidé považovali za velmi dobrého a čestného prezidenta. Do té doby byl označován za nudného a nezajímavého. V roce 1982 Taoiseach, Garret FitzGerald z Fine Gael, prohrál hlasování v Dáil Eireann. Doktor Fitzgerald požádal o všeobecné volby. Jako prezident s tím nemusel souhlasit a doktor Fitzgerald by musel odstoupit. To znamenalo, že Dáil Éireann může zvolit Charlesa Haugheyho za Taoiseacha. Hillery se domníval, že nové volby budou nejlepší, ale mnoho lidí z prezidentovy vlastní strany se ho snažilo přesvědčit o opaku.
Prezident Hillery odmítl mluvit s politiky opozičních stran, ale když Charles Haughey, který byl vůdcem opozice, zavolal do prezidentské kanceláře, pohrozil, že ukončí kariéru armádního důstojníka, který hovor přijal a na Hilleryho výslovný rozkaz odmítl hovor prezidentovi předat. Následujícího dne Hillery zavolal náčelníkovi generálního štábu irské armády a jako vrchní velitel armády nařídil náčelníkovi generálního štábu, aby zajistil, že žádný politik nebude nikdy zasahovat do kariéry mladého armádního důstojníka.
Vroce 1983 byl Hillery opět zvolen. Hillery odešel z úřadu v roce 1990 (odsloužil maximální dvě funkční období), široce oceňován pro svou čestnost, poctivost a oddanost povinnostem. Do veřejného života se však znovu zapojil v roce 2002 během druhého referenda o Smlouvě z Nice, kdy vyzýval k hlasování pro. Referendum bylo vyhlášeno.