Kryštof Kolumbus spatřil tento ostrov 6. prosince 1492 a navštívil ho 14. prosince. Ostrov nazval La Tortuga, španělsky "Želva", protože při pohledu z moře má tvar želvy.
Španělé neměli o ostrov Tortuga zájem, protože se snažili vytvořit kolonii na velkém ostrově Hispaniola. A tak byl tento ostrov po většinu 16. století bez lidí.
Na tento ostrov přišli žít lidé z různých evropských zemí, především z Anglie. V roce 1625 sem přišli Francouzi z ostrova Svatý Kryštof. Žili v jižní části ostrova, kde jsou rovinaté pozemky, a snažili se pěstovat některé plodiny, například tabák. Také se vydali na Hispaniolu, kterou nazývali la Grande Terre ("Velká země"), lovit divoké krávy a prasata, a protože používali taínskou techniku vaření s kouřem známou jako "boucan", byli známí jako boucaniers ("bukanýři"). Uzené maso a kůži (suchou kůži používanou k výrobě obuvi a oděvů) prodávali lodím, které připlouvaly k ostrovu.
Španělé se snažili tyto lidi z ostrova dostat a několikrát ho obsadili, ale pokaždé se vrátili zpět na Hispaniolu a ostrov Tortuga byl znovu obsazen. V roce 1640 byl na Tortugu vyslán francouzský inženýr Jean La Vasseur. Postavil pevnost Fort de Rocher [1640]. La Vasseur otevřel přístav psancům všech národů.
Z ostrova Tortuga se lidé začali stěhovat do severní části Hispanioly, hlavně do oblastí kolem velkých plání, a zakládali města jako Port-de-Paix (1665), Cap-Français (1670) a Fort-Dauphin (1731). Poté ostrov Tortuga ztratil na významu a po těchto letech zde žilo jen velmi málo lidí, včetně dnešních.