Na levém břehu řeky Haut du Cap postavil Kryštof Kolumbus malou pevnost se zbytky lodi Santa María, když byla na Štědrý den roku 1492 zničena; pevnost pojmenoval La Navidad (česky "Vánoce"). Tato pevnost byla první evropskou stavbou v Americe.
Oblast kolem města nesla taínské jméno Guarico, které pro tuto oblast a nové město použili španělští kolonisté. Když sem z ostrova Tortuga přišli žít Francouzi, založili město v roce 1670 a francouzský král Ludvík XIV. ho v roce 1711 pojmenoval Cap-Français; bylo to pak hlavní město kolonie Saint-Domingue až do roku 1770, kdy se novým hlavním městem stalo Port-au-Prince.
Město bylo zničeno Španěly v lednu 1691 po bitvě u La Limonade; La Limonade je savana východně od Cap-Haïtien. Později, v roce 1695, bylo město opět zničeno španělskými a anglickými vojáky.
Haiti, v koloniálních dobách známé jako Saint-Domingue, bylo nejbohatší francouzskou kolonií a Cap-Français bylo nejbohatším městem této kolonie. Městu se tehdy říkalo "Paříž západu".
Během haitské revoluce došlo 18. listopadu 1803 k bitvě ve Vertières u Cap-Haïtien. V této bitvě porazila armáda Jeana-Jacquese Dessalinese francouzskou koloniální armádu vedenou hrabětem de Rochambeau, což vedlo k vyhlášení nezávislosti Haiti 1. ledna 1804.
Po vyhlášení nezávislosti Haiti byla země rozdělena na dvě části a severní část se stala královstvím Henriho Christopha a název města byl změněn na Cap-Henry. Christophe učinil hlavním městem svého království Milot, město ležící 15 km jižně od města.
Po Christopheově smrti, kdy se Haiti opět stalo jednou zemí, bylo město pojmenováno Cap-Haïtien.
