V letech 1503-1505 založil Nicolás de Ovando, španělský guvernér Hispanioly, město Puerto Real (anglicky "Royal Port") v místech, kde se dnes nachází město Caracol, západně od Fort-Liberté. Brzy však bylo toto město opuštěno a obyvatelé se přestěhovali na východ, kde v roce 1578 založili nové město s názvem Taíno: Bayajá.
V roce 1606 se obyvatelé starých španělských měst Bayajá a Yaguana museli na příkaz španělského krále přestěhovat do východní části ostrova, do nového města Bayaguana, které spojovalo oba staré názvy.
Když zde později Francouzi založili nové město, nazvali ho v roce 1731 Fort-Dauphin, pojmenované podle "Dauphina" (Delfína, syna francouzského krále Ludvíka XV.). Po vzniku Francouzské republiky byl název v roce 1792 změněn na Fort-Liberté. Poté, co se Henri Christophe stal v roce 1811 haitským králem Henrim I., přejmenoval město na Fort-Royal. V roce 1820, po Christopheově smrti, byl název změněn zpět na Fort Liberté.
Pevnosti v okolí Fort-Liberté
Kolem zálivu je postaveno několik pevností. Důležitá je pevnost Fort Dauphin, někdy nazývaná Fort Saint Joseph (patron města) nebo Fort Liberté. Dalšími pevnostmi v oblasti jsou Fort de la Bouque, Batterie de l'Anse, Fort Saint Charles a Fort Saint Frédérique.