Rozlišuje se mezi taxonomií a systematikou. Systematika se zabývá tím, jak spolu skupiny souvisejí. Taxonomie se zabývá vytvářením skupin (taxonů), rozhodováním o tom, co k sobě patří. Taxonomie se také nazývá klasifikace.
Zvláštní součástí taxonomie je nomenklatura. Ta se skládá z pravidel, jaká jména používat. Taxonom tedy nejprve rozhodne, co do skupiny patří a nepatří, a poté pomocí nomenklatury rozhodne, jaký název by tato skupina měla mít. Pokud se skupina zvětší nebo rozšíří, může dostat jiný název. Na druhou stranu může stejný název označovat větší taxon (podle jednoho konkrétního taxonoma) nebo menší taxon (podle jiného taxonoma). To znamená, že vědecké názvy nejsou zaručeně stabilní. Většina jmen je stabilní, ale u některých taxonů neexistuje shoda na jejich názvu, protože taxonomové se neshodnou, co k sobě patří a co ne.
Taxonom se může sám rozhodnout, jaké vědecké důvody přijme pro vytvoření skupiny (taxonu). Pokud není ve své volbě přesvědčivý, ostatní taxonomové s ním nebudou souhlasit a pak se dohodnou jinak. V dnešní době se předpokládá, že biologická klasifikace se většinou provádí podle evolučních (fylogenetických) vztahů, pokud jsou známy.