Řeka San Joaquin je jednou ze dvou hlavních řek Kalifornie ve Spojených státech. S délkou 330 mil (530 km) je po řece Sacramento druhou nejdelší řekou Kalifornie. Začíná na západě pohoří Sierra Nevada a teče na západ a sever až ke svému konci v Sanfranciském zálivu, v deltě Sacramento-San Joaquin. Její povodí o rozloze asi 32 000 km2 (82 879 km2) zahrnuje převážně zemědělskou půdu. Řeka zásobuje pitnou vodou více než 22 milionů obyvatel Kalifornie. Jejími třemi největšími přítoky jsou řeky Merced, Tuolumne a Stanislaus.
Řeka byla kdysi jedním z nejbohatších říčních ekosystémů v Kalifornii. Nyní je však více než 60 mil (97 km) řeky vyschlé, s výjimkou povodní, protože mnoho vody bylo odebráno pro zavlažování. Pod přehradou Friant Dam, která byla na řece San Joaquin postavena ve 40. letech 20. století, je ve skutečnosti 95 % toku řeky suché. Velká část řeky je znečištěná, což zničilo historickou populaci lososů čavyčích, kdysi nejjižněji položených ve Spojených státech. Pesticidy, selen a mnoho dalších toxických látek přináší řeka San Joaquin do Sanfranciského zálivu.
Nyní byl zahájen jeden z největších projektů na americkém Západě, jehož cílem je obnovit řeku San Joaquin. Dne 13. září 2006 podepsala Rada pro ochranu přírodních zdrojů dohodu s uživateli přehrady Friant a Ministerstvem vnitra Spojených států. Tato dohoda by měla obnovit řeku San Joaquin pod přehradou a snížit znečištění.



