Okres Baldwin byl založen 21. prosince 1809, deset let předtím, než se Alabama stala státem. Předtím bylo hrabství součástí teritoria Mississippi, a to až do roku 1817, kdy přešlo do teritoria Alabamy.
Hranice hrabství se často měnily a vpadlo do něj mnoho armád.
V prvních dnech existence okresu Baldwin bylo sídlem okresu město McIntosh Bluff (nyní v okrese Mobile) na řece Tombigbee. V roce 1810 se pak sídlo okresu přesunulo do města Blakeley a v roce 1868 do města Daphne. V roce 1900 bylo zákonem alabamského zákonodárného sboru stanoveno, že sídlo okresu se přesune do města Bay Minette. Město Daphne nebylo z tohoto přesunu nadšeno, protože být sídlem okresu znamenalo, že město navštěvuje více lidí a podniky mohou více prodávat. Aby se sídlo okresu přesunulo do Bay Minette, předstírali někteří muži z Bay Minette, že došlo k vraždě. Když šerif a jeho zástupce odjeli z města Daphne hledat vraha, muži z Bay Minette se vydali do města Daphne. Tito muži získali záznamy ze soudní budovy okresu Baldwin a odvezli je zpět do města Bay Minette. Nástěnná malba New Deal na poště v Bay Minette je obrazem tohoto příběhu.
Okres Baldwin se nachází v blízkosti Mexického zálivu. Proto se zde často vyskytují tropické povětrnostní systémy, které jsou často hurikány. Dameage počasí může být někdy velmi špatná a někdy je okres prohlášen za oblast postiženou katastrofou. Například v září 1979 kvůli škodám způsobeným hurikánem Frederic, v červenci 1997 kvůli hurikánu Danny, v září 1998 kvůli hurikánu Georges, v září 2004 kvůli škodám způsobeným hurikánem Ivan a znovu v srpnu 2005 kvůli škodám způsobeným hurikánem Katrina.