Na Point Pelee žili dlouhou dobu příslušníci Prvních národů Kanady. Bylo to ještě před příchodem Evropanů, kteří tuto oblast kolonizovali. Lidé se domnívají, že na největším archeologickém nalezišti, které bylo na Point Pelee nalezeno mezi lety 700 a 900 našeho letopočtu, žili lidé. Point Pelee pojmenovali dva kněží v roce 1670. Byli to otcové Dollier a Galinee. Slovo pelée je francouzský výraz pro lysinu.
Přírodovědci a lovci chtěli tuto oblast chránit. Domnívali se, že biodiverzita virdů potřebuje ochranu před zástavbou v této oblasti. Ještě před vznikem parku vznikla skupina nazvaná Great Lakes Ornithological Society. Studovali migraci ptáků v oblasti. V roce 1915 doporučili, aby se Point Pelee stal národním parkem. Byl to první národní park, který byl vytvořen na ochranu této oblasti. To změnilo způsob vytváření národních parků. Když park vznikl, bylo v oblasti ještě mnoho chat a dva hotely. Bylo zde také mnoho farem a škola.
Mnohé chaty se stavěly i po vzniku národního parku. Po krachu na Wall Street v roce 1929 se již žádné pozemky v parku neprodávaly. Ve 20. letech 20. století měl park plán rozvoje. V parku měla být postavena dálnice. Od 60. let 20. století do parku jezdilo hodně lidí. Point Pelee se stal národním parkem, do kterého jezdilo nejvíce lidí. V roce 1963 navštívilo Point Pelee téměř 781 000 lidí. Protože park navštěvovalo mnoho lidí, byla zničena velká část přírody a divokých zvířat. Kanadská vláda prohlásila, že Point Pelee by kvůli tomu již neměl být národním parkem.
Po roce 1980 začala kanadská vláda tuto oblast více chránit. Přestala povolovat vjezd automobilů na vrchol. Místo toho začala na výsypku jezdit kyvadlová doprava. Začali vykupovat všechny chaty v parku a odstraňovat je. Odstranili více než 350 budov. Odstranili také dvě silnice. V roce 1989 už nebyl v parku povolen lov kachen. V roce 1991 začala vláda zabíjet část jelenů v parku, aby ochránila rostliny. Poté ještě několikrát zabili některé jeleny.
Point Pelee se stal rezervací tmavé oblohy v roce 2006. Byl to první národní park v Kanadě, který se stal rezervací tmavé oblohy. V roce 2006 vlny z Erijského jezera odplavili špičku. Poté se v roce 2007 špička znovu objevila. Důvodem byl pokles hladiny Erijského jezera. Špička se každý rok mění, prodlužuje se nebo zkracuje. V roce 2017 shořela při požáru v Point Pelee část bažinaté půdy. Shořelo asi 125 hektarů.
