Při sčítání lidu v roce 2000 žilo v okrese 49 832 osob, 21 294 domácností a 15 672 rodin. Hustota zalidnění činila 103 osob na čtvereční míli (40/km²). Bylo zde 24 452 bytových jednotek při průměrné hustotě 50 na čtvereční míli (19/km²). Rasové složení okresu bylo následující: 87,27 % bělochů, 8,83 % černochů nebo Afroameričanů, 0,27 % původních Američanů, 1,17 % Asiatů, 0,02 % obyvatel tichomořských ostrovů, 0,96 % příslušníků jiných ras a 1,47 % příslušníků dvou nebo více ras. K hispánské nebo latinskoamerické národnosti jakékoli rasy se hlásilo 5,09 % obyvatel. Angličtina byla mateřským jazykem 90,1 %, španělština 5,0 % a němčina 1,2 %.
1,8 % obyvatel se označilo za osoby západoindického původu.
V roce 2000 zde žilo 21 294 domácností, z nichž 21,10 % mělo děti mladší 18 let, 62,80 % tvořily manželské páry žijící společně, 8,10 % tvořila žena v domácnosti bez přítomnosti manžela a 26,40 % domácností nebylo příbuzných. Ve 21,60 % všech domácností žily osoby osaměle a ve 12,00 % žila osaměle osoba starší 65 let. Průměrná velikost domácnosti byla 2,32 a průměrná velikost rodiny byla 2,67.
V okrese bylo rozloženo 17,90 % obyvatel mladších 18 let, 4,80 % obyvatel ve věku 18 až 24 let, 20,30 % obyvatel ve věku 25 až 44 let, 28,30 % obyvatel ve věku 45 až 64 let a 28,60 % obyvatel starších 65 let. Medián věku byl 50 let. Na 100 žen připadalo 92,10 mužů. Na 100 žen ve věku 18 let a více připadalo 89,90 mužů.
Mediánový příjem domácnosti v okrese činil 40 214 USD a mediánový příjem rodiny 45 625 USD. Muži měli mediánový příjem 31 184 USD oproti 24 865 USD u žen. Příjem na obyvatele v okrese činil 21 879 USD. Pod hranicí chudoby se nacházelo přibližně 6,70 % rodin a 8,70 % obyvatel, z toho 15,70 % osob mladších 18 let a 4,40 % osob starších 65 let.
Podle amerického úřadu pro sčítání lidu byl okres Flagler v letech 2000 až 2005 nejrychleji rostoucím okresem v zemi, a to o 53,3 %, přičemž počet obyvatel se k 1. červenci 2005 odhadoval na 76 410.
