V mozku lidí s Alzheimerovou chorobou se vyskytují dva hlavní znaky: neurobrilární klubka (zkráceně "klubka"), která jsou tvořena bílkovinou zvanou tau, a senilní plaky (které jsou tvořeny převážně jinou bílkovinou zvanou beta-amyloid, někdy se jim také říká beta-amyloidové svazky nebo zkráceně "svazky"). Proteiny tau, které tvoří spleti, dříve držely pohromadě strukturu uvnitř neuronů zvanou mikrotubulus, která je důležitou součástí neuronu; tvoří součást cytoskeletu (buněčné kostry), který udržuje tvar buňky, a mikrotubuly hrají roli v buněčné komunikaci.
Splétání i plaky mohou být způsobeny jinými chorobami, například virem Herpes simplex typu 1, který je zkoumán jako možná příčina nebo přispěvatel k rozvoji Alzheimerovy choroby. Není jisté, zda jsou spleti a plaky součástí příčiny Alzheimerovy choroby, nebo zda jsou jejím důsledkem.
Mikrotubuly 
Mikrotubuly jsou tvořeny bílkovinou zvanou tubulin. Tubulin je polymerizován, což znamená, že molekuly vytvářejí stále stejné tvary, které jsou spojeny do skupin, a tyto skupiny jsou navzájem propojeny. Mohou tvořit dlouhé řetězce nebo jiné tvary; v tomto případě polymerizovaný tubulin tvoří mikrotubuly. Mikrotubuly jsou tuhé trubičky podobné mikroskopickým brčkům, které jsou uvnitř duté. Mikrotubuly pomáhají udržovat tvar neuronu a podílejí se na průchodu signálů neuronem.
Tau 
Tau je protein, který se nachází především v neuronech centrálního nervového systému. Pomáhají držet pohromadě mikrotubuly v neuronech. a když dojde ke změnám ve způsobu, jakým mají tau proteiny fungovat, mikrotubuly se rozpadnou. Proteiny tau, které již nedrží mikrotubuly pohromadě, vytvářejí vlákna zvaná fibrily, která se pak shlukují uvnitř neuronu a vytvářejí takzvané neurofibrilární spleti . Tyto shluky, známé také jako "tau spletence", jsou to jediné, co po odumření neuronu zůstane.
| Braak Staging neurofibrilárních změn souvisejících s Alzheimerovou chorobou. V současné době se používá pouze pro výzkumné účely |
| Fáze | Neurofibrilární spleti v: | Příznaky |
| I/IITransentorinální stadium | Transentorhinální oblast a entorhinální oblast | Žádné příznaky |
| III/IVLimbické stadium | Hipokampální formace a části limbického systému a amygdaly | Začátek Alzheimerovy chorobyKognitivní poruchy: problémy s pamětí, prostorové poznávání |
| V/VIIsokortikální stadium | V celé mozkové kůře | Demence: plně rozvinutá Alzheimerova choroba |
Beta-amyloid 
Beta-amyloidové (Aβ) plaky (nazývané také "amyloid beta") začínají proteinem zvaným amyloidový prekurzor (APP). APP je jedním z proteinů, které tvoří buněčnou membránu nebo vnější obal, který chrání buňku. V tomto případě se jedná o neuron.. Protože se APP tvoří uvnitř buňky, vyčnívá skrz buněčnou membránu ven.
V různých částech buňky, včetně vnější části buněčné membrány, chemické látky zvané enzymy rozřezávají APP na malé kousky. Tyto enzymy, které provádějí stříhání, jsou alfa-sekretáza, beta-sekretáza a gama-sekretáza. V závislosti na tom, který enzym stříhá a které části APP se stříhají, může dojít ke dvěma různým událostem. Jedna je užitečná a druhá způsobuje tvorbu beta-amyloidových plaků.
Plaky vznikají tak, že beta-sekretáza odřízne molekulu APP na jednom konci peptidu beta-amyloidu a uvolní z buňky sAPPβ. Gama-sekretáza pak odřízne kousky APP, které zbyly a stále trčí z membrány neuronu, na druhém konci beta-amyloidního peptidu. Po tomto odstřižení se peptid beta-amyloidu uvolní do prostoru mimo neuron a začne se lepit na další peptidy beta-amyloidu. Tyto kousky se slepí dohromady a vytvoří oligomery. V prostoru mezi neurony se nyní vznášejí různé oligomery různých velikostí, které mohou být zodpovědné za reakci s receptory na sousedních buňkách a synapsích, což ovlivňuje jejich schopnost fungovat.
Některé z těchto oligomerů jsou z mozku odstraňovány. Ty, které se neodstraní, se shlukují s dalšími kusy beta-amyloidu. Jak se další kusy shlukují, oligomery se zvětšují a další velikost se nazývá protofibrily a další velikost se nazývá fibrily. Po nějaké době se tyto fibrily shlukují s dalšími bílkovinnými molekulami, neurony a ne-nervovými buňkami plovoucími v prostoru mezi buňkami a vytvářejí tzv. plaky.
Cerebrální amyloidní angiopatie (CAA)
Depozita beta-amyloidu se tvoří také ve stěnách (v tunica media, střední vrstvě, a tunica adventitia nebo tunica externa, vnější vrstvě) malých a středně velkých tepen (a někdy i žil) v mozkové kůře a v leptomeningách (leptomeningy jsou dvě vnitřní vrstvy - pia mater a arachnoid - mening, ochranné třívrstvé membrány pokrývající mozek).
CAA se vyskytuje u 30 % osob starších 60 let, které netrpí žádnou demencí, ale vyskytuje se u 90-96 % osob s Alzheimerovou chorobou a v jedné třetině až dvou třetinách těchto případů je závažná.