Raná léta
Jonathan Dee (vlastním jménem) se narodil v Londýně ve velšské rodině. Příjmení Dee pochází z velšského slova du, což znamená "černý". V osmnácti letech absolvoval St John's College v Cambridgi. Byl zakládajícím členem Trinity College. Na Cambridge krátce přednášel. Poté opustil Anglii, aby studoval v kontinentální Evropě a přednášel v Paříži a Louvain. Do Anglie se vrátil ve 40. letech 15. století.
V roce 1555 byl zatčen a obviněn z provozování černé magie za to, že předpověděl horoskopy královně Marii a princezně Alžbětě; obvinění bylo rozšířeno na zradu Marie. Dee se dostavil do Hvězdné komory a očistil se. Když byl propuštěn, stal se vědeckým poradcem královny Alžběty I., a dokonce rozhodl o nejvhodnějším datu její korunovace v roce 1558.
Cestoval do Evropy s penězi od Alžběty I. Pravděpodobně pro ni pracoval jako špion. Stal se blízkým spolupracovníkem mnoha alžbětinských objevitelů a podnikatelů, například sira Humphreyho Gilberta.
V roce 1564 napsal Dee hermetické dílo Monas Hieroglyphica ("Hieroglyfická monáda") o symbolu, který sám navrhl a který vyjadřoval mystickou jednotu všeho stvoření. Toto dílo bylo vysoce ceněno mnoha lidmi Deeovy doby. Bylo v něm však ukryto tajemství, které se ztratilo. Díky tomu je dnes kniha těžko pochopitelná.
V roce 1570 vydal "Matematickou předmluvu" k anglickému překladu Euklidových Elementů od Henryho Billingsleyho. Psal o tom, jak je matematika důležitá pro ostatní vědy a umění. Protože tato kniha byla napsána pro veřejnost, byla Deeovým nejpopulárnějším dílem.
Pozdější život
Dee se nespokojil se svými znalostmi. Na počátku 80. let 15. století začal využívat nadpřirozené způsoby, aby získal další vědomosti. Chtěl získat vědomosti od andělů.
V roce 1582 se seznámil s Edwardem Kellym a ten se stal jeho společníkem. Kelly byl odsouzený padělatel. Kelly pomohl Deeovi získat vidění od andělů pomocí křišťálové koule. Andělé jim předali jazyk zvaný enochiánština a prostřednictvím Kellyho jim nadiktovali několik knih. Deeova křišťálová koule skončila v Britském muzeu. Dlouhá léta zůstávala nepovšimnuta ve sbírce minerálů. V Britském muzeu se nachází také většina dosud existujících Deeových písemností.
Poslední roky
V roce 1583, kdy byl Dee v Evropě, byl jeho dům a knihovna v Mortlake zničeny davem. Později se Dee domníval, že mnoho jeho knih bylo ukradeno bývalými přáteli a spolupracovníky. Požádal královnu Alžbětu o pomoc. Ta ho v roce 1592 jmenovala ředitelem Christ's College v Manchesteru. V této funkci zůstal až do roku 1604.
Když v roce 1603 zemřela královna Alžběta I., Deeův vliv se rozplynul: byl nucen odejít do svého domu v Mortlake, kde zemřel v chudobě.
