Po poněkud problematickém dětství byla Anna svým otcem podrobena psychoanalýze. Když byla její analýza v roce 1922 dokončena, stala se sama psychoanalytičkou. Na vídeňském Psychoanalytickém vzdělávacím institutu vyučovala techniku dětské analýzy. V letech 1925 až 1934 byla tajemnicí Mezinárodní psychoanalytické asociace. Pokračovala v pořádání dětské analýzy a seminářů a konferencí na toto téma.
Po anšlusu v roce 1938 Freudovi uprchli z Vídně do Londýna. Freud sám umíral na rakovinu, a tak se o domácnost starala Anna. Anna se profesně nepohodla s Melanií Kleinovou, která přišla do Londýna mnohem dříve a byla již etablovaná jako dětská psycholožka. Britská psychoanalytická společnost uspořádala řadu "kontroverzních diskusí". Diskuse se týkaly výcviku a představ obou stran. Nakonec bylo dosaženo dohody, že obě "školy" by měly koexistovat uvnitř Společnosti. Společnost má nyní tři výcvikové divize: Kleiniánskou, Freudovskou a Nezávislou.
Během války Freud studoval vliv deprivace rodičovské péče na děti. Založila středisko pro malé oběti války s názvem "Hampsteadská válečná školka". Dětem se zde dostávalo pěstounské péče, přičemž matky byly vybízeny, aby je co nejčastěji navštěvovaly.
V roce 1947 Freud a Kate Friedlaenderová založili Hampsteadské kurzy dětské terapie. O pět let později přibyla dětská klinika. Freud začal přednášet o dětské psychologii.
Od 50. let až do konce života Freudová pravidelně cestovala do Spojených států, kde přednášela, učila a navštěvovala přátele. V 70. letech se zabývala problémy citově deprivovaných a sociálně znevýhodněných dětí. Na Yale Law School vedla semináře o kriminalitě a rodině.
Freud zemřel 9. října 1982 v Londýně. Byla zpopelněna v krematoriu Golders Green a její popel byl uložen do mramorové police vedle starořecké pohřební urny jejích rodičů. Zde odpočívá také její celoživotní přítelkyně Dorothy Burlinghamová a několik dalších členů Freudovy rodiny.
