Wilhelm Roux (9. června 1850, Jena - 15. září 1924, Halle) byl německý zoolog, anatom a průkopník experimentální embryologie.
Deset let působil v Breslau (dnes Vratislav) a v roce 1879 se stal ředitelem vlastního embryologického ústavu. V letech 1889-95 působil jako profesor v rakouském Innsbrucku, poté přijal profesorské místo na Anatomickém ústavu univerzity v Halle, kde setrval až do roku 1921.
Rouxův výzkum vycházel z pojmu Entwicklungsmechanik neboli vývojové mechaniky. Jeho metodika spočívala v zásahu do vyvíjejících se embryí a pozorování výsledků. Rouxovy výzkumy byly prováděny především na žabích vajíčkách, aby se zkoumaly nejranější struktury ve vývoji obojživelníků. Jeho cílem bylo ukázat působení darwinovských procesů na buněčné úrovni.
V roce 1888 Roux publikoval výsledky série pokusů s defektem, při nichž vzal dvou a čtyřbuněčná žabí embrya a polovinu buněk každého embrya usmrtil horkou jehlou. Uváděl, že z nich vyrostly poloviny embryí, a předpokládal, že oddělená funkce obou buněk již byla určena. To ho vedlo k navržení jeho "mozaikové" teorie: po několika buněčných děleních bude embryo vypadat jako mozaika, přičemž každá buňka bude hrát v celé konstrukci svou vlastní jedinečnou roli.
Po několika letech byla Rouxova teorie vyvrácena studiemi jeho kolegy Hanse Driesche a později Hans Spemann s větší přesností ukázal, že Drieschovy závěry jsou zpravidla správné, ale že výsledků podobných Rouxovým lze dosáhnout po zásahu do určitých rovin. Navzdory tomuto počátečnímu selhání se Rouxova průkopnická mechanická metodologie ukázala jako nejplodnější v biologii 20. století.
V pozoruhodné práci si Roux uvědomil význam lineární struktury chromozomů. Jejich rozdělení na dvě stejné podélné poloviny zajistilo, že každá dceřiná buňka dostala stejný chromozomový komplement. Chromozomy tedy byly nositeli dědičnosti. To byla významná událost v cytogenetice.
