Modré žilky sýru Blue Stilton vznikají propíchnutím kůrky sýra jehlami z nerezové oceli. Tím se do jádra dostane vzduch. Sýr pak zraje devět až dvanáct týdnů.
Aby mohl sýr používat název "Stilton", musí být vyroben v jednom ze tří hrabství Derbyshire, Leicestershire a Nottinghamshire a musí používat pasterizované místní mléko. Výrobci sýru Stilton v těchto hrabstvích požádali o ochranu podle evropského práva (CHOP = chráněné označení původu) a v roce 1996 ji získali.
Sýr Stichelton se vyrábí stejným způsobem jako sýr Stilton a používá kravské mléko z hrabství Nottinghamshire, ale mléko není pasterované, a proto nemůže být podle CHOP označen jako pravý Stilton.
Od září 2016[aktualizace] má licenci na výrobu Stiltonu pouze šest mlékáren (tři v Leicestershire, dvě v Nottinghamshire a jedna v Derbyshire). Každá mlékárna je kontrolována nezávislou kontrolní agenturou akreditovanou podle evropské normy EN 45011. Čtyři z licencovaných mlékáren se nacházejí v údolí Belvoir, které se rozkládá na hranici hrabství Nottinghamshire a Leicestershire. Tato oblast je považována za jádro výroby Stiltonu. Mlékárny se nacházejí ve městě Melton Mowbray a ve vesnicích Colston Bassett, Cropwell Bishop, Long Clawson a Saxelbye.
Další mlékárna v hrabství Leicestershire se nacházela v areálu Quenby Hall poblíž vesnice Hungarton. Mlékárna zde byla již v 18. století. V srpnu 2005 byla v nové mlékárně Quenby Hall obnovena výroba sýru Stilton, ale v roce 2011 byl podnik uzavřen.
Bývalou licencovanou mlékárnu, která vyráběla sýr Stilton v Hartingtonu v hrabství Derbyshire, koupila v roce 2008 mlékárna Long Clawson a v roce 2009 ji uzavřela a výrobu přesunula do Leicestershire. Dva bývalí zaměstnanci založili v Pikehallu ve farnosti Hartington smetanárnu, která získala licenci v roce 2014.
Sýr Stilton se nemůže vyrábět ve vesnici, která dala sýru jméno. Vesnice Stilton se nenachází ve třech povolených hrabstvích, ale v historickém hrabství Huntingdonshire v hrabství Cambridgeshire. Společnost Original Cheese Company požádala Defra o změnu CHOP Stilton tak, aby zahrnovalo i tuto vesnici, ale žádost byla v roce 2013 zamítnuta.
Ve Staffordshire se vyráběl také sýr Stilton. Rodina Nuttallů z Beeby v hrabství Leicestershire otevřela v roce 1892 v Uttoxeteru továrnu na výrobu sýra Stilton, aby využila místní mléko a dobré dopravní spojení.