Kanton Pérez Zeledón byl vytvořen 9. října 1931. Byly mu přiděleny 4 okresy: Ureña, El General, Daniel Flores a Rivas. Ureña byla hlavním městem.
Rané osídlení Kostariky
Na konci 19. století, v letech 1870-1899, žilo v údolí El General několik rodin. Od roku 1900 byly osídleny vesnice (španělsky Caseríos) El General, Palmares, Rivas a Ureña.
Caserío of Ureña se rozrostl. V roce 1911, za vlády Ricarda Jiméneze Oreamuno, byly vytvořeny útočiště Ojo de Agua, El Cerro de la Muerte a División. Tyto útočiště dále podpořily růst regionu.
Kostarická občanská válka
San Isidro de El General, hlavní město Péreze Zeledóna, získalo titul Ciudad Mártir. Důvodem byla občanská válka v roce 1948, která se zde odehrála.
Dekret č. 274 dal městu jeho název. Tímto dekretem byla oficiálně uznána účast města v občanské válce v roce 1948. Část dekretu uvádí (ve španělštině):
la Junta Fundadora de la Segunda República, apreciando el noble esfuerzo y la valiosa contribución de San Isidro de El General, se siente obligada a hacer un público y oficial reconocimiento de tan loable conducta para que de ninguna manera quede ella relegada al olvido, sino que constantemente sea exaltada como merecen los grandes hechos dignos de vida eterna en los fastos nacionales.
Což by v angličtině znamenalo:
Zakladatelská skupina Druhé republiky, která oceňuje úsilí a přínos San Isidro de El General, chce toto jednání veřejně a oficiálně uznat. Nechť je neustále chváleno, neboť dobré věci jsou hodny věčné národní chvály.
Pérez Zeledón byl také místem velkých bitev během kostarické občanské války. Jednou z nich byla bitva u San Isidro de El General. Došlo k ní kolem půl sedmé ráno. 200 vládních vojsk bojovalo proti povstalcům v centrálním parku města. Bitvu vyhrál José Figueres Ferrer a jeho povstalci. Tato bitva zajistila povstalcům jižní pacifickou oblast Kostariky.