S nicejským vyznáním víry byly určité problémy. V roce 529 byla do vyznání víry přidána tzv. klauzule filioque. Tato klauzule je jedním z hlavních rozdílů mezi římskokatolickou církví a východní pravoslavnou církví. Katolická církev tuto klauzuli má, východní pravoslavná církev nikoli. Klauzule se týká toho, jak zbožný je Otec ve srovnání se Synem. Tam, kde původní Nicejské vyznání víry zní: "Věříme v Ducha svatého ..., který vychází z Otce", pozměněná, římskokatolická verze zní: "Věříme v Ducha svatého ..., který vychází z Otce a Syna". Římskokatoličtí křesťané tuto změnu přijímají, ale východní pravoslavní křesťané ji odmítají. Mnohé východní katolické církve (východní v liturgii, ale v plném společenství s papežem) tuto větu ve svém vyznání víry nepoužívají. Učení, které představuje, však považují za pravdivé, neboť se jedná o dogma římskokatolické víry. Mnohé protestantské církve, které v této věci zaujímají stanovisko, filioque obvykle přijímají.
Po schizmatu mezi Východem a Západem v roce 1054 se východní a západní církve pokusily znovu sjednotit na dvou různých středověkých koncilech a na každém z nich se řešila otázka filioque. Navzdory řeckým ústupkům se ani na druhém lyonském koncilu (1274), ani na koncilu ve Ferrero-Florencii (1438-1535) nepodařilo dosáhnout žádoucího sjednocení.
Tato klauzule se nejčastěji označuje jako "filioque" nebo jednoduše filioque.