Botanika
Stopes publikoval asi 100 článků a knih o botanice, většinou o fosilních rostlinách. Byla odbornicí na fosilní kapradiny, cykasy a gymnospermy.
V letech 1904-1907 přednášela paleobotaniku na univerzitě v Manchesteru; byla první ženou na této univerzitě.p12 V roce 1910, ve věku 30 let, se stala členkou University College London. Dosáhla tak vrcholu stromu. Byla nejen paleobotaničkou, ale také odbornicí na botaniku uhelných měr, které se ukládaly v pensylvánu (svrchním karbonu). Uhlí bylo v té době nejdůležitějším zdrojem energie.
Stopesová publikovala o botanice až do roku 1935, ale přibližně od roku 1912 se její zájmy začaly měnit kvůli problémům v soukromém životě.
Antikoncepce a zdraví žen
Po katastrofálním manželství si Stopesová uvědomila, jak mnoho lidí neví, co je to sex, a jaké problémy mají ženy v manželství. Jejími cíli byly: zlepšení štěstí díky lepším znalostem a ochrana ženského zdraví prostřednictvím kontroly těhotenství, k nimž v manželství přirozeně dochází.
Stopesova první kniha o plánování rodiny, Married Love: a new contribution to the solution of the sex difficulties, 1918, se dočkala 28 vydání a více než 150 dotisků. Byla přeložena do 14 jazyků a Braillova písma. Anglické verze se prodalo více než milion výtisků, což jí přineslo bohatství.
Společenský dopad knihy byl obrovský. Nikdo nedokáže říct, proč dochází ke společenským změnám, ale postoj k sexu a manželství se během jejího života určitě změnil. Mezi prvním a posledním vydáním její knihy se změnil stav žen v Evropě a Severní Americe, kdy téměř nepoužívaly antikoncepci a většina z nich ji používala. A to i přes odpor katolické církve a dalších sil.
Neustále se také zlepšují znalosti o sexu a lékařská péče o potřeby žen v souvislosti s porodem. Dostupnost znalostí o všech tématech týkajících se osobního života se stále zlepšuje.
Později, v roce 1918, vydala Stopesová druhou knihu s názvem Moudré rodičovství: pokračování. To se dočkalo 25 vydání a mnoha dotisků. v roce 1919 vyšel Dopis pracujícím matkám o tom, jak mít zdravé děti a vyhnout se oslabujícím těhotenstvím. Proud knih a brožur pokračoval až do konce jejího života.
Klinika Marie Stopesové
Stopesová otevřela 17. března 1921 první britskou kliniku pro plánování rodiny na adrese 61, Marlborough Road, Holloway, severní Londýn. V roce 1925 se klinika pro matky přestěhovala do centra Londýna, kde sídlí dodnes.
Mateřská organizace klinik Marie Stopes po celém světě se nyní nazývá Marie Stopes International. Zvláště silná je v Bangladéši a Pákistánu.