V červenci 2008 byl otevřen obchod App Store se změnou na iTunes. Společnost Apple nyní mohla kontrolovat kvalitu aplikací a přidávat další ceny k již stanovené ceně aplikace. O den později byl uveden na trh iPhone 3G, který byl vybaven systémem iOS 2.0.1. Tato verze měla podporu App Store a brzy byla zpřístupněna i pro starší iPhony a iPod Touch. K 10. únoru 2012[aktualizace] je v App Store více než milion aplikací.
V lednu 2011 bylo v App Store staženo téměř 10 miliard aplikací, což společnost uvedla pomocí "10 Billion App Countdown". Dne 22. ledna 2011 v 10:26 (GMT) byla z obchodu Apple App Store stažena 10miliardtá aplikace. V červenci téhož roku si 200 milionů uživatelů stáhlo z obchodu více než 15 miliard aplikací. ABC Průměrný zisk na jednu aplikaci je přibližně 8 700 USD, ale společnost Apple tyto údaje nenechává nahlížet veřejnosti. V květnu 2011 společnost Apple schválila 500 000. aplikaci.
Úspěch App Store vedl další společnosti k vydání vlastních "obchodů s aplikacemi" a nyní se všechny podobné služby pro mobilní telefony někdy nazývají obchody s aplikacemi. Společnost Apple se však v roce 2008 pokusila získat ochrannou známku na termín App Store a v roce 2011 jí byla schválena. V červnu 2011 však americká okresní soudkyně Phyllis Hamiltonová uvedla, že "pravděpodobně" zamítne pokus společnosti Apple zabránit společnosti Amazon používat název "App Store". Dne 6. července společnost Apple soudní spor prohrála.
Slovo app je nyní populární slovo; na začátku roku 2011 bylo app Americkou dialektologickou společností vyhlášeno slovem roku 2010. Společnost Apple nemá ochrannou známku na slovo app, které se používá jako zkratka pro "aplikaci" přinejmenším od poloviny 90. let a v produktech od roku 2002, například Google Apps (poprvé představeno v roce 2006).
V únoru 2011 společnost Apple oznámila novou službu založenou na předplatném, která umožní vývojářům nastavit délku a cenu předplatného. Dříve se nové časopisy nebo novinky prodávaly jako samostatné vydání. Nová funkce umožnila vydavatelům prodávat obsah přímo prostřednictvím svých aplikací a umožnila uživatelům dostávat nový obsah po určitou dobu.
Během celosvětové vývojářské konference společnosti Apple v roce 2012 uvedl generální ředitel společnosti Apple Tim Cook, že App Store má 400 milionů účtů s registrovanými kreditními kartami, 650 000 dostupných aplikací ke stažení a "ohromujících 30 miliard aplikací" stažených z App Store.
Při uvedení iPhonu 5 na trh změnila společnost Apple v rámci systému iOS 6 vzhled obchodu App Store i obchodů iTunes Store a iBookstore.
7. ledna 2013 společnost Apple oznámila, že z jejího obchodu iOS App Store bylo staženo více než 40 miliard aplikací, z toho přibližně polovina v roce 2012.
Společnost Apple 1. února 2013 oznámila vývojářům, že mohou začít používat stránky appstore.com pro odkazy na své aplikace.
V září 2013 společnost Apple na své konferenci Worldwide Developers Conference oznámila, že s uvedením systému iOS 7 přidá do obchodu App Store kategorii pro děti. Kategorie je rozdělena podle věkových kategorií a aplikace vytvořené pro děti mladší 13 let musí dodržovat zákon o ochraně soukromí dětí na internetu (COPPA).
Na konci roku 2013 utratili uživatelé App Store více než 10 miliard USD a v prosinci 2013 si uživatelé stáhli téměř tři miliardy aplikací. Jednalo se o nejúspěšnější měsíc v historii obchodu App Store a vývojáři od vzniku obchodu App Store vydělali více než 15 miliard USD.