Gippslandská jezera vznikla dvěma hlavními činnostmi. Prvním z nich bylo zanášení bahnem z řek, které vytvářelo říční delty. Řeka Mitchell vytvořila bahnité náplavy, které v délce několika kilometrů ústí do jezera King. Druhým působením bylo moře v Bassově průlivu, které vytvořilo pláž Ninety Mile Beach, jež bránila řekám v přístupu k moři.
Po zablokování řek se hladina jezer postupně zvyšovala. Voda by nakonec prorazila bariérovou pláž a hladina by klesla na úroveň moře. Nakonec by pláž jezera uzavřela a cyklus by začal znovu. Někdy trvalo mnoho let, než se vytvořil nový kanál do moře, a ne vždy byl na stejném místě jako ten předchozí.
V roce 1889 byla postavena zeď, aby se upevnila poloha přirozeného kanálu mezi jezery a oceánem u Lakes Entrance. Tím se stabilizovala hladina vody, vznikl přístav pro rybářské lodě a jezera se otevřela lodní dopravě. Tento vjezd je třeba pravidelně prohlubovat, jinak by stejný proces, který vytvořil jezera Gippsland Lakes, způsobil, že by vjezd byl pro lodě příliš mělký.
V roce 2011 se v důsledku záplav v jezerech Gippslandu objevila bioluminiscence.