Anchiornis je malý raně troodontní dinosaurus s trojúhelníkovou lebkou jako ostatní troodontidi. Anchiornis měl také dlouhé nohy, což obvykle svědčí o silném běžci. Rozsáhlé peří na nohou však naznačuje, že dlouhé nohy mohou být vestigiálním znakem, protože běhající zvířata mají obvykle redukované, nikoliv zvětšené ochlupení nebo peří na nohou. Přední končetiny Anchiornise byly také velmi dlouhé, což je mezi troodontidy (kteří mají tendenci mít krátké ruce) neobvyklé, ale podobné dromaeosauridům a raným ptákům, což zdůrazňuje jeho bazální ("primitivní") postavení mezi dinoptáky.
Peří
Zatímco první exemplář Anchiornise, nalezený v roce 2000, si zachoval pouze slabé stopy peří kolem zachované části těla, dobře zachovalý druhý exemplář vykazoval téměř kompletní zachování peří, což vědcům umožnilo určit strukturu peří a jeho rozmístění.
Stejně jako u jiných raných ptáků, např. Microraptor, měl Anchiornis velká křídla tvořená letovými pery připevněnými k paži a ruce (jako u moderních ptáků) a letovými pery na zadních nohách, která tvořila uspořádání předních a zadních křídel. Přední křídlo Anchiornise se skládalo z 11 primárních per a 10 sekundárních per. Na rozdíl od Microraptora byla primární pera u Anchiornise přibližně stejně dlouhá jako sekundární a tvořila zaoblenější křídlo se zakřivenými, ale symetrickými středovými lopatkami, malou a tenkou relativní velikostí a zaoblenými špičkami, což svědčí o horších aerodynamických schopnostech ve srovnání s jeho pozdějším příbuzným. U Microraptora a Archaeopteryxe byla nejdelší přední pera nejblíže špičce křídla, takže křídla vypadala dlouhá, úzká a špičatá. U Anchiornise však byla nejdelší křídelní pera ukotvena poblíž zápěstí, takže křídlo bylo uprostřed nejširší a u špičky se zužovalo, což vytvářelo zaoblenější, méně letově přizpůsobený profil.
Zadní křídla Anchiornise byla také kratší než u Microraptora a tvořilo je 12-13 letových per, která byla ukotvena na holenní kosti (dolní noha) a 10-11 na metatarzu (horní noha). Také na rozdíl od Microraptora byla peří zadních křídel nejdelší blíže k tělu, peří nohou bylo krátké a směřovalo dolů, téměř kolmo ke kostem nohou. Na rozdíl od všech ostatních známých druhohorních dinosaurů byly nohy Anchiornise (kromě drápů) zcela pokryty peřím (mnohem kratším než to, které tvořilo zadní křídlo).
Zbytek těla pokrývaly dva typy jednodušších, chmýřovitých per, stejně jako u sinornithosaura. Dlouhé chmýří pokrývalo téměř celou hlavu a krk, trup, horní končetiny a první polovinu ocasu. Zbytek ocasu nesl pírkovitá ocasní pera (rectrices).
Barva
V roce 2010 tým zkoumal četné body na peří mimořádně dobře zachovalého exempláře Anchiornise, aby zjistil rozmístění melanosomů, pigmentových buněk, které dodávají peří barvu. Studiem melanosomů a jejich porovnáním s melanosomy moderních ptáků se vědcům podařilo zmapovat barvy a vzorování, které měl Anchiornis za života. Ačkoli tato technika byla použita již dříve, Anchiornis se stal prvním druhohorním dinosaurem, u kterého bylo známo téměř celé zbarvení za jeho života.
Většina tělesných per anchiornise byla šedá a černá. Koruna hlavového peří byla převážně načervenalá s šedým základem a přední částí a obličej měl mezi převážně černými hlavovými pery rezavé skvrny. Peří na předních a zadních křídlech bylo bílé s černými špičkami. Krycí pera (kratší pera pokrývající základy dlouhých křídelních per) byla šedá a kontrastovala s převážně bílými hlavními křídly. Větší krycí pera křídel byla rovněž bílá s šedými nebo černými špičkami a tvořila řady tmavších teček podél středu křídla. Ty měly podobu tmavých pruhů nebo rovnoměrných řad teček na vnější straně křídla (primární pokryvy per), ale nerovnoměrnějšího uspořádání skvrn na vnitřní straně křídla (sekundární pokryvy). Zadeček nohou byl kromě dlouhých zadních křídelních per šedý a chodidla a prsty byly černé.
Stejně jako mnoho moderních ptáků měl i Anchiornis složitý vzor zbarvení s různými barvami ve skvrnitém vzoru na těle a křídlech, neboli "zbarvení uvnitř a mezi peřím". U moderních ptáků slouží takové barevné vzorování ke komunikaci a předvádění se, a to buď příslušníkům téhož druhu (např. k páření nebo k předvádění teritoriální hrozby), nebo k ohrožování a varování konkurenčních či dravých druhů.