Aligátor je rod z řádu krokodýlů (Crocodilia). Žijí dva druhy: aligátor americký a menší aligátor čínský. Spolu s kajmany, gharialy a krokodýly tvoří řád Crocodilia.

První aligátoři se objevili asi před 37 miliony let. Starší druhy aligátorů však vyhynuly.