Během válek mezi královstvími dobyla Irsko v letech 1649-1653 vojska anglického parlamentu. Tyto síly vedl Oliver Cromwell. Tato událost je známá jako Cromwellovo dobytí Irska nebo Cromwellova válka v Irsku. Cromwell vtrhl do Irska se svou Novou modelovou armádou jménem anglického parlamentu Rump v srpnu 1649.
Po irském povstání v roce 1641 přešla většina Irska pod kontrolu Irské katolické konfederace. Počátkem roku 1649 se konfederáti spojili s anglickými roajalisty, kteří byli poraženi parlamentáři v anglické občanské válce. V květnu 1652 porazila Cromwellova parlamentní armáda koalici konfederátů a roajalistů v Irsku a obsadila zemi, čímž skončily irské konfederační války (neboli jedenáctiletá válka). Partyzánská válka však pokračovala ještě další rok. Cromwell vydal řadu trestních zákonů proti římským katolíkům (naprosté většině obyvatelstva) a zkonfiskoval jim velké množství půdy.
Parlamentní výboj byl brutální a Cromwell je v Irsku stále nenáviděnou postavou. Dodnes se diskutuje o tom, do jaké míry byl za zvěrstva zodpovědný Cromwell, který přímo velel první rok tažení. Někteří historici tvrdí, že Cromwellovy činy byly v rámci tehdy uznávaných pravidel války nebo byly zveličeny či zkresleny pozdějšími propagandisty; tato tvrzení byla zpochybněna jinými.
Dopad války na irské obyvatelstvo byl nepochybně vážný, i když neexistuje shoda ohledně rozsahu ztrát na životech. Válka měla za následek hladomor, který ještě zhoršila epidemie dýmějového moru. Odhady poklesu irské populace v důsledku parlamentního tažení se pohybují od 15 do 83 %. Parlamentáři také vyvezli asi 50 000 lidí jako námezdní dělníky. Některé odhady zahrnují úbytek obyvatelstva pouze v průběhu doby dobytí (1649-52), zatímco jiné zahrnují období dobytí do roku 1653 a období cromwellovského osídlení od srpna 1652 do roku 1659 dohromady.