Nepřátelství mezi Markétou a vévodou z Yorku
Poté, co odešla z Londýna a žila v honosném stavu v Greenwichi, se Markéta věnovala péči o malého syna a neprojevovala žádné známky politické vůle, dokud se nedomnívala, že jejímu manželovi hrozí sesazení ambiciózním Richardem z Yorku, třetím vévodou z Yorku, který byl k jejímu zděšení jmenován lordem protektorem, zatímco Jindřich byl v letech 1453 až 1454 duševně neschopný. Vévoda byl věrohodným uchazečem o anglický trůn a na konci jeho protektorátu bylo mnoho mocných šlechticů a příbuzných připraveno jeho nárok podpořit. Vévoda z Yorku byl mocný, Jindřichovi rádci zkorumpovaní, Jindřich sám důvěřivý, poddajný a stále labilnější, Markéta vzdorovitě neoblíbená, chmurně a chrabře odhodlaná udržet anglickou korunu pro své potomky. Přinejmenším jeden badatel však za zdroj konečného pádu Lancasterů označuje ani ne tak Yorkovy ambice, jako spíše Markétino neuvážené nepřátelství vůči Yorkovi a její přílišnou příchylnost k nepopulárním spojencům. Přesto byla královna Markéta ve světě politiky mocnou silou. Král Jindřich byl jako tmel v jejích rukou, když chtěla něco udělat.
Markétin životopisec Helen Maurer však nesouhlasí s dřívějšími historiky, kteří tolik opěvované nepřátelství mezi královnou a Yorkem datovali do doby, kdy získal úřad protektora. Domnívá se, že vzájemný antagonismus vznikl o dva roky později v roce 1455 v důsledku první bitvy u St Albans, kdy ho Markéta vnímala jako výzvu králově autoritě. Maurer tento závěr opírá o uvážlivé studium Markétiných vzorců předávání darů; to odhalilo, že Markéta si dávala velmi záležet na tom, aby ukázala, že na počátku 50. let 14. století upřednostňuje Yorka i Edmunda Beauforta (Somerseta) stejnou měrou. Maurer také tvrdí, že Markéta zřejmě přijala Yorkovo protekční postavení, a tvrdí, že neexistují žádné podstatné důkazy, které by podpořily dlouholeté přesvědčení, že byla zodpovědná za vyloučení Yorků z Velké rady po Jindřichově uzdravení (viz níže).
Zesnulý historik Paul Murray Kendall naopak tvrdil, že Markétiným spojencům Edmundovi Beaufortovi (Somersetovi) a Williamu de la Pole, tehdy hraběti ze Suffolku, nedělalo potíže přesvědčit ji, že York, do té doby jeden z nejdůvěryhodnějších rádců Jindřicha VI., je zodpovědný za její neoblíbenost a že je již příliš mocný, než aby mu mohla důvěřovat. Markéta nejenže Jindřicha přesvědčila, aby Yorka odvolal z funkce místodržitele ve Francii a místo toho ho vykázal do Irska, ale opakovaně se ho pokusila nechat zavraždit během jeho cest do Irska a zpět, jednou v roce 1449 a podruhé v roce 1450. Společná odpovědnost Edmunda Beauforta (Somerseta) a Suffolka za tajnou kapitulaci Maine v roce 1448 a následnou katastrofální ztrátu zbytku Normandie v roce 1449 uvrhla Markétu a Jindřichův dvůr do nepokojů, povstání velmožů a výzev k obžalobě a popravě dvou Markétiných nejsilnějších spojenců. Mohlo také způsobit, že konečný boj na život a na smrt mezi Markétou a rodem Yorků se stal nevyhnutelným, protože se projevila Richardova nebezpečná popularita mezi komonstvem. Richard z Yorku, který se v roce 1450 bezpečně vrátil z Irska, se Jindřichovi postavil a byl znovu přijat jako důvěryhodný rádce. Brzy poté Jindřich souhlasil se svoláním parlamentu, aby se zabýval voláním po reformách. Když se parlament sešel, nemohly být požadavky pro Markétu méně přijatelné: nejenže byli Edmund Beaufort (Somerset) i Suffolk obžalováni ze zločinného špatného řízení francouzských záležitostí a rozvracení spravedlnosti, ale jako zločin proti Suffolkovi (nyní vévodovi) bylo obviněno, že si krále znepřátelil proti vévodovi z Yorku. Dále byly předloženy požadavky na reformu, které zahrnovaly uznání vévody z Yorku za prvního královského radu, a předseda Dolních sněmoven, možná s větším zápalem než moudrostí, dokonce navrhl, aby byl Richard, vévoda z Yorku, uznán za dědice trůnu. Během několika měsíců však Markéta získala nad Jindřichem opět kontrolu, parlament byl rozpuštěn, neopatrný předseda parlamentu uvržen do vězení a Richard z Yorku se prozatím uchýlil do Walesu.
V roce 1457 bylo království opět pobouřeno, když se zjistilo, že Pierre de Brézé, mocný francouzský generál a Markétin přívrženec, se vylodil na anglickém pobřeží a vypálil město Sandwich. Jako vůdce francouzského vojska o síle 4 000 mužů z Honfleuru měl za cíl využít chaosu v Anglii. Při tomto nájezdu byl zabit starosta města John Drury. Poté se stalo tradicí, která přetrvává dodnes, že starosta Sandwiche nosí na památku tohoto hanebného činu černé roucho. Markéta se ve spojení s de Brézé stala předmětem hanlivých pomluv a vulgárních balad. Rozhořčení veřejnosti bylo tak velké, že Markéta byla s velkou neochotou nucena dát příbuznému vévody z Yorku Richardu Nevillovi, 16. hraběti z Warwicku, pověření, aby po tři roky střežil moře. Ten již zastával funkci kapitána v Calais.
Vůdce lancasterské frakce
Nepřátelství mezi soupeřícími frakcemi Yorků a Lancasterů brzy přerostlo v ozbrojený konflikt. V květnu 1455, jen něco málo přes pět měsíců poté, co se Jindřich VI. uzdravil z duševní choroby a skončilo protektorství Richarda z Yorku, svolala Markéta Velkou radu, z níž byli yorkisté vyloučeni. Rada svolala shromáždění peerů do Leicesteru, aby chránili krále "před jeho nepřáteli". York byl zřejmě připraven na konflikt a brzy táhl na jih, aby se setkal s lancasterským vojskem táhnoucím na sever. V první bitvě u St Albans 22. května 1455 utrpěli Lancasterové drtivou porážku. Edmund Beaufort (Somerset), hrabě z Northumberlandu a lord Clifford byli zabiti, Wiltshire uprchl z bojiště a král Jindřich byl zajat vítězným vévodou z Yorku. V březnu 1458 se spolu se svým manželem a předními šlechtici bojujících frakcí zúčastnila průvodu The Love Day v Londýně.
V roce 1459 byly boje obnoveny v bitvě u Blore Heath, kde byl James Tuchet, 5. baron Audley, poražen yorkistickým vojskem pod vedením Richarda Nevilla, 5. hraběte ze Salisbury.
