Johannes Peter Müller (14. července 1801 - 28. dubna 1858) byl německý fyziolog, srovnávací anatom, ichtyolog a herpetolog. V roce 1833 se stal profesorem fyziologie na berlínské univerzitě.
V pozdější části svého života se věnoval především srovnávací anatomii. Jeho oblíbenými tématy byly ryby a mořští bezobratlí. Podnikl 19 cest do Baltského a Severního moře, Jaderského moře a Středozemního moře, aby prozkoumal život ve slané vodě.
Je autorem obsáhlého díla o anatomii obojživelníků, která v jeho době zahrnovala i plazy. Popsal také několik nových druhů hadů.
Müller byl učitelem několika významných fyziologů a biologů, mezi nimiž byli Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig a Ernst Haeckel. V roce 1834 byl zvolen zahraničním členem Švédské královské akademie věd. V roce 1854 mu byla udělena Copleyho medaile Královské společnosti.