Když Bašárův otec zemřel, vláda změnila ústavu. Podle syrských zákonů muselo být prezidentovi nejméně 40 let. Po změně zákona mohl být Asad v červnu 2000 zvolen prezidentem Sýrie. Stal se také vrchním velitelem ozbrojených sil a vůdcem strany Baas, která v Sýrii vládne od roku 1961.
Syrská občanská válka
Velké protesty začaly v lednu 2011. Protestující chtěli politické reformy, ukončení výjimečného stavu (který platil od roku 1963) a návrat občanských práv. Březnové protesty byly nejrozsáhlejší a vláda proti protestujícím použila násilí.
Spojené státy uvalily na Asadovu vládu sankce v dubnu 2011. Kanada a Evropská unie rovněž uvalily sankce na vládu v květnu 2011.
V červnu 2011 Asad slíbil reformy, nové parlamentní volby a více svobod. Vyzval také uprchlíky, aby se vrátili do Sýrie.
V lednu 2012 agentura Reuters uvedla, že syrská armáda, bezpečnostní složky a milice zabily více než 5 000 civilistů a demonstrantů (včetně militantů), zatímco 1 100 lidí zabili teroristé.
V lednu 2012 pronesl Asad projev, v němž prohlásil, že povstání bylo vyvoláno zahraničím. Řekl, že nové referendum by se mohlo konat v březnu.
Referendum se konalo v únoru 2012. Referendum mělo změnit délku funkčního období budoucích syrských prezidentů. Prošlo s 90% podporou. Spojené státy a Turecko výsledky nepřijaly. Evropská unie prosadila nové sankce vůči vládě.
V červnu 2012 MVČK oznámil, že v Sýrii probíhá občanská válka. Počet obětí na obou stranách dosáhl 20 000.
V letech 2014 a 2015 začal ztrácet podporu alavitské komunity. Důvodem byl nestejný počet vojáků zabitých v konfliktu, kteří byli alavité.
V září 2015 se Rusko zapojilo do syrské občanské války. Ruský prezident Vladimir Putin prohlásil, že cílem Ruska v Sýrii je "stabilizovat legitimní moc v Sýrii a vytvořit podmínky pro politický kompromis". V listopadu 2015 Asad prohlásil, že za dva měsíce ruské intervence se podařilo více než koalici vedené USA za celý rok.
V prosinci 2016 získaly vládní síly od povstalců zpět většinu Aleppa.
Po zvolení Donalda Trumpa si USA již nepřály Asada odstavit od moci. To se změnilo po chemickém útoku v Chán Šajchúnu. Donald Trump nařídil raketové údery na syrskou leteckou základnu. Asad reagoval prohlášením, že jednání Spojených států je "nespravedlivou a arogantní agresí". Uvedl také, že syrská armáda se v roce 2013 vzdala všech svých chemických zbraní. Tvrdil, že chemický útok byl lží a byl použit k ospravedlnění amerického leteckého útoku.
Od března 2018 bylo v občanské válce zabito 350 000 až 511 000 lidí.