Lady Juliana vyplula před ostatními trestaneckými loděmi a není vždy počítána jako součást druhé flotily. Zásobovací loď Justinian neplula s trestaneckými loděmi a připlula před nimi. Loď HMS Guardian vyplula před trestaneckými loděmi, ale po vyplutí z mysu Dobré naděje narazila na led, vrátila se do jižní Afriky a ztroskotala na pobřeží.
Lodě Surprize, Neptune a Scarborough byly vyslány firmou "Camden, Calvert & King". Ta se zavázala, že odsouzené převeze, obleče a nakrmí za poplatek 17 liber 7s. 6d za hlavu Tento poplatek se platil bez ohledu na to, zda se odsouzenci vylodili živí nebo mrtví. Tato firma již dříve podnikala v oblasti přepravy otroků do Severní Ameriky. Jedinými státními zaměstnanci na lodi byli námořní agent, poručík John Shapcote, a kapitán stráže; veškerou ostatní posádku zajišťovala firma.
Druhá flotila opustila Anglii 19. ledna 1790 s 1006 trestanci (928 muži a 78 ženami). Na cestě se zastavili pouze jednou, a to na mysu Dobré naděje. Zde bylo na palubu vzato 20 mužských trestanců, kteří přežili z lodi Guardian. Tyto tři lodě urazily rychlejší cestu než první flotila a do Port Jacksonu dorazily v posledním červnovém týdnu roku 1790. Bylo to tři týdny po Lady Julianě a týden po zásobovací lodi Justinian.
Cesta byla rychlá, ale počet mrtvých byl nejvyšší v historii přepravy do Austrálie. Z 1 026 odsouzenců, kteří odjeli, jich 267 (256 mužů a 11 žen) během cesty zemřelo (26 %).
Na lodi Neptun neměli odsouzenci dostatek jídla, byli spoutáni řetězy a jen zřídkakdy je pouštěli na palubu. Mnoho z nich dostalo kurděje. Na lodi Scarborough dostávali jídlo, ale údajný pokus o vzpouru vedl k tomu, že odsouzenci byli drženi zavření v podpalubí.
Kapitán William Hill, velitel stráže, později napsal, že kapitáni lodí nekrmili trestance proto, aby mohli jídlo prodávat v jiné zemi. Chtěli, aby trestanci rychle zemřeli, aby s nimi nemuseli plýtvat a mohli si jídlo nechat na pozdější prodej.
