Koncem roku 1999 začal Jimmy Wales uvažovat o online encyklopedii, kterou by vytvářeli dobrovolníci. V lednu 2000 najal Larryho Sangera, aby ji spravoval. Projekt byl spuštěn 9. března 2000. Do listopadu 2000 byly zveřejněny pouze dva úplné články.
Od svého vzniku byla Nupedia encyklopedií s volným obsahem. Bomis, společnost Jimmyho Walese, hodlala získávat peníze z reklam na webu Nupedia. Zpočátku projekt používal licenci, kterou vymysleli Wales a Sanger. Později začal používat licenci Nupedia Open Content License. V lednu 2001 přešel na licenci GNU Free Documentation License. Stalo se tak proto, že Richard Stallman a Free Software Foundation řekli, že by to měli udělat.
V lednu 2001 také společnost Nupedia spustila Wikipedii. Zpočátku neměla být encyklopedií. Místo toho byla zamýšlena jako vedlejší projekt, který měl lidem umožnit pracovat na článcích pro Nupedii před jejich odborným posouzením. Jak se Wikipedie rozrůstala a přitahovala nové uživatele, začala fungovat bez Nupedie. Činnost na Wikipedii však nejprve vedl Larry Sanger. Bylo to proto, že byl hlavním editorem Nupedie.
Wikipedie vedla k postupnému ukončení činnosti Nupedie. Jimmy Wales se v prosinci 2001 rozhodl přestat Sangerovi platit. Sanger poté opustil jak Nupedii, tak Wikipedii. Po Sangerově odchodu se Nupedia stala ještě méně známou než Wikipedie. Protože se Nupedia používala stále méně, občas se objevovala myšlenka změnit její články na články Wikipedie. K tomu však nikdy nedošlo. Po jejím uzavření byly články Nupedie přesunuty do Wikipedie.
