Saramago se narodil v rodině bezzemka v portugalské Azinháze, malé vesnici v provincii Ribatejo asi sto kilometrů severovýchodně od Lisabonu.
Saramago se v roce 1944 oženil s Ildou Reisovou. Jejich jediné dítě Violante se narodilo v roce 1947. Od roku 1988 je Saramago ženatý se španělskou novinářkou Pilar del Río, která je oficiální překladatelkou jeho knih do španělštiny.
José Saramago se dočkal mezinárodního úspěchu až po padesátce; jeho román Baltasar a Blimunda mu přinesl mezinárodní čtenářský ohlas. Tento román získal cenu portugalského PEN klubu.
Saramago byl od roku 1969 až do své smrti členem Portugalské komunistické strany, ateistou a pesimistou. Jeho názory vyvolaly v Portugalsku značnou kontroverzi, zejména po vydání knihy Evangelium podle Ježíše Krista.