6. dubna 1994 byli rwandský prezident Juvénal Habyarimana a burundský prezident v letadle, které bylo sestřeleno. Oba muži byli Hutuové. Jak později uvedlo ministerstvo zahraničí Spojených států:
| " | Oba prezidenti byli zabiti. Jako by sestřelení bylo signálem, začaly vojenské skupiny a milice shromažďovat a zabíjet všechny Tutsije a umírněné politiky [členy vlády, kteří nebyli extremisty] bez ohledu na jejich etnický původ. | " |
Zábrany na cestě
Během půl hodiny po pádu letadla začali Impuzamugambi a Interahamwe blokovat silnice v Kigali, hlavním městě Rwandy. Všichni Rwanďané museli nosit identifikační průkazy, na kterých byla uvedena jejich etnická skupina. Milice zabily každého Tutsijce, kterého našly.
Milice nadále používaly zátarasy, které se staly důležitou součástí rwandské strategie genocidy:
- Identifikační karty umožnily snadno zjistit, kdo je Tutsi.
- Vůdci předali milici seznamy lidí, které chtěli zabít; pokud někdo z nich zastavil u zátarasu, milice ho zabila.
- Zátarasy způsobily, že se Tutsiové báli pokusit se o útěk ze Rwandy po silnicích.
Zabíjení od dveří ke dveřím
V prvních dnech genocidy se poprav v Kigali ujala rwandská armáda a prezidentská garda. Impuzamugambi a Interahamwe však byli s nimi a vojáci je učili, co mají dělat. Brzy začali spolupracovat. Nejprve vojáci stříleli granáty, slzný plyn a samopaly do míst, kde se mohli zdržovat Tutsiové. Pak měli milicionáři dovoleno vejít dovnitř a všechny uvnitř zabít. Často k zabíjení používali mačety nebo obušky. Pak vojáci a milice hledali centimetr po centimetru každého, kdo by se ještě mohl skrývat.
Rwandská armáda a milice tak během prvních pěti dnů genocidy zabily 20 000 lidí.
Šíření genocidy
Podle organizace Human Rights Watch měly milice před 6. dubnem jen asi 2 000 členů, většinou v Kigali. Jakmile však začala genocida a členové milicí začali sklízet plody násilí, jejich počet [se rychle zvýšil] na dvacet až třicet tisíc pro [celou] zemi[.]" Nakonec se Impuzamugambi a Interahamwe rozrostly natolik, že dohromady měly 50 000 členů. To bylo o polovinu více členů, než měla pravidelná rwandská armáda.
To umožnilo milicím rozšířit genocidu po celé Rwandě. Po celé zemi byly milice. Milice však nezabíjely všechny, kdo se podíleli na genocidě. Povzbuzovaly a někdy i nutily obyčejné lidi, aby zabíjeli své tutsijské sousedy, přátele, manželky nebo manžele. Pokud by to neudělali, byli by sami zabiti.
Milice masakrovaly skupiny Tutsiů, kteří se snažili ukrýt na místech, jako jsou školy a kostely. Například 21. dubna 1994 při masakru na technické škole v Murambi zabili příslušníci milicí během jediného dne téměř 65 000 Tutsiů.
Milice také znásilnily a sexuálně napadly mnoho žen a dívek. Celkově bylo během genocidy znásilněno 150 000 až 250 000 žen a dívek (nelze však zjistit, kolik z těchto zločinů spáchaly milice a kolik příslušníci armády).