Před rokem 1969 se město jmenovalo Gaberones. Gaberones nahradil Mafeking jako hlavní město protektorátu Bechuanaland v roce 1965. Mafeking se nacházel mimo území protektorátu Bechuanaland. Nacházelo se v oblasti Jihoafrické republiky. Když se protektorát osamostatnil, potřebovala Botswana hlavní město, které by se nacházelo uvnitř země. Předpokládalo se, že hlavním městem bude Lobatse. Později bylo rozhodnuto, že nové hlavní město vznikne vedle Gaberones, malé koloniální správní osady.
Původní název Gaberones pochází z názvu vesnice Gaborone. Byla pojmenována po náčelníkovi Kgosi Gaborone z kmene BaTlokwa. Jeho vesnice, dnes nazývaná Tlokweng, se nacházela hned za řekou od "Government Camp" (sídla koloniální vlády). "Gabs" je dodnes běžnou přezdívkou pro Gaborone. Novější přezdívka pro Gaborone je G-City.
Centrum města bylo postaveno za tři roky. Zahrnuje budovy shromáždění, úřady, elektrárnu, nemocnici, školy, rozhlasovou stanici, telefonní ústřednu, policejní stanice, poštu a více než 1 000 domů. Velká část města byla postavena na Den nezávislosti 30. září 1966, kdy se hrabství stalo nezávislým na Spojeném království. Prvním starostou Gaborone byl reverend J. D. Jones. Staré Gaberones se stalo předměstím nového Gaborone a nyní je známé jako "Village".