Carsonella ruddii

Autor: Leandro Alegsa

30-08-2021

Candidatus Carsonella ruddii je endosymbiotická gama proteobakterie. Má nejmenší známý genom ze všech bakterií.

Tento druh je endosymbiontem, který je přítomen u všech druhů hmyzu živícího se floémovou mízou, tzv. psyllid. Endosymbiont se vyskytuje ve specializované struktuře známé jako bakteriom.

V roce 2006 byl genom jednoho kmene Ca. C. ruddi byl sekvenován v RIKEN v Japonsku a na Arizonské univerzitě. Genom je kruhový chromozom o 159 662 párech bází a má vysokou hustotu kódování (97 %) s mnoha překrývajícími se geny a sníženou délkou genů. Počet předpovězených genů byl 182, což je rovněž nejnižší počet v historii (NCBI-Genome). Zdá se, že řada genů považovaných za nezbytné pro život chybí, což naznačuje, že tento druh mohl dosáhnout statusu organely.

Pro srovnání, Mycoplasma genitalium, která má nejmenší genom ze všech volně žijících organismů, má genom o 521 genech.

Otázky a odpovědi

Otázka: Co je to Candidatus Carsonella ruddii?

A: Candidatus Carsonella ruddii je endosymbiotická gama proteobakterie, která je přítomna ve všech druzích hmyzu živícího se floémovou mízou, známých jako psyllidi.

Otázka: Jaká je velikost genomu Candidatus Carsonella ruddii?

Odpověď: Genom Candidatus Carsonella ruddii je nejmenší známý genom jakékoliv bakterie a tvoří ho kruhový chromozom o 159 662 párech bází.

Otázka: Kolik genů se předpokládá u bakterie Candidatus Carsonella ruddii?

Odpověď: Počet předpovězených genů u Candidatus Carsonella ruddii je 182, což je nejméně ze všech zaznamenaných genů (NCBI-Genome).

Otázka: Jaká je hustota kódování genomu Candidatus Carsonella ruddii?

Odpověď: Genom Candidatus Carsonella ruddii má vysokou hustotu kódování, která činí 97 %.

Otázka: Co je to bakteriom?

Odpověď: Bakteriom je specializovaná struktura, v níž se u Candidatus Carsonella ruddii vyskytují endosymbionti.

Otázka: Co chybí v genomu Candidatus Carsonella ruddii?

Odpověď: Zdá se, že v genomu Candidatus Carsonella ruddii chybí řada genů považovaných za nezbytné pro život, což naznačuje, že tento druh mohl dosáhnout statusu organely.

Otázka: Jaký je genom Candidatus Carsonella ruddii ve srovnání s genomem Mycoplasma genitalium?

Odpověď: Genom Mycoplasma genitalium, který má nejmenší genom ze všech volně žijících organismů, má 521 genů, což je výrazně více než počet předpokládaných genů u Candidatus Carsonella ruddii.