Ryan byl poprvé zvolen do Sněmovny reprezentantů v roce 1999, kdy získal křeslo v 1. obvodu po Marku Neumannovi, který se po dvou volebních obdobích vzdal mandátu a neúspěšně kandidoval do Senátu USA. Ryan zvítězil v republikánských primárkách nad 29letým pianistou Michaelem J. Loganem z Twin Lakes.
Ryan se v roce 2008 stal nejvyšším republikánským členem rozpočtového výboru Sněmovny reprezentantů a v roce 2012, poté co republikáni převzali kontrolu nad Sněmovnou reprezentantů, se stal jeho předsedou. V témže roce byl vybrán, aby přednesl republikánskou odpověď na zprávu o stavu Unie.
Za 12 let svého působení ve Sněmovně reprezentantů navrhl více než 70 zákonů nebo pozměňovacích návrhů, z nichž dva byly uzákoněny. Jeden z nich, přijatý v červenci 2000, přejmenoval poštovní úřad v Ryanově obvodu; druhý, přijatý v prosinci 2009, snížil spotřební daň na šípy. Ryan byl také spolupředkladatelem 975 návrhů zákonů, z nichž 176 bylo schváleno. Původními sponzory 22 % těchto návrhů zákonů byli demokraté.
V roce 2010 byl Ryan členem dvoustranické Národní komise pro fiskální odpovědnost a reformu (Bowles-Simpsonova komise), která měla za úkol vypracovat plán na snížení federálního deficitu. Hlasoval proti závěrečné zprávě komise.
V roce 2012 Ryan obvinil nejvyšší vojenské představitele, že používají "kouř a zrcadla", aby se udrželi pod rozpočtovými limity schválenými Kongresem. Ryan později uvedl, že se v této věci špatně vyjádřil, a zavolal generálu Martinu Dempseymu, předsedovi sboru náčelníků štábů, aby se za své výroky omluvil.
Od poloviny roku 2012 absolvoval Ryan v rámci kongresové delegace sedm zahraničních cest.