Muhammad Alí zpočátku vedl válku jménem osmanského sultána Mahmúda II. v Arábii a Řecku. Později se dostal do otevřeného konfliktu s Osmanskou říší.
Jeho prvním vojenským tažením byla výprava na Arabský poloostrov. Svatá města Mekka a Medina byla obsazena rodem Saúdů, kteří vyznávali islám zvaný wahhábismus. Vyzbrojeni novým náboženským zápalem začali Muhammad ibn Saúd dobývat části Arábie.
Protože hlavní osmanská armáda byla zaneprázdněna v Evropě, obrátil se Mahmúd II. na Muhammada Alího, aby znovu získal arabská území. Muhammad Alí zase pověřil svého syna Tusun Pašu vedením vojenské výpravy v roce 1811. Tažení se v Arábii obrátilo, nicméně v roce 1812 byl podniknut druhý útok, při němž byl znovu dobyt Hejz. s. 43-44 Po dvouletém tažení byli Saúdové rozdrceni a většina saúdské rodiny byla zajata. Vůdce rodiny Abdulláh ibn Saúd byl poslán do Istanbulu, kde byl popraven. str. 48
Muhammad Alí se poté zaměřil na vojenská tažení podle vlastních představ, počínaje Súdánem, který považoval za cenný zdroj území, zlata a otroků. Súdán v té době neměl žádnou skutečnou centrální autoritu a v kmenových bojích používal primitivní zbraně.
V roce 1820 vyslal Muhammad Alí armádu o síle 5 000 vojáků pod velením svého třetího syna Ismaila na jih do Súdánu s úmyslem dobýt toto území a podřídit je své autoritě.p51 Alího vojáci se v roce 1821 dostali do Súdánu, ale narazili na tvrdý odpor. Nakonec egyptské jednotky a střelné zbraně zajistily dobytí Súdánu. Alí měl nyní předsunutou základnu, ze které mohl expandovat k pramenům Nilu v Etiopii a Ugandě. Jeho správa zajala v Súdánu otroky, z nichž pak vytvořila pěší pluk vojáků. Alího tvrdá vláda v Súdánu a vláda jeho bezprostředních nástupců nakonec vedla k lidovému boji za nezávislost, který v roce 1881 zahájil samozvaný Mahdí Muhammed Ahmed.
Zatímco Muhammad Alí rozšiřoval svou moc do Afriky, Osmanská říše čelila etnickým povstáním na svých evropských územích. V roce 1821 začalo řecké povstání proti osmanské nadvládě. Osmanské armádě se povstání nepodařilo potlačit a etnické násilí se rozšířilo až do Konstantinopole. Sultán Mahmúd II. nabídl Muhammadu Alímu ostrov Kréta výměnou za jeho podporu při potlačení povstání.
Muhammed Ali vyslal 16 000 vojáků, 100 transportů a 63 doprovodných plavidel pod velením svého syna Ibrahima paši. str. 71. Na ochranu Řeků zasáhly Velká Británie, Francie a Rusko. Dne 20. října 1827 bylo u Navarina celé egyptské loďstvo potopeno evropskou spojeneckou flotilou pod velením admirála Edwarda Codringtona (1770-1851). Muhammad Alí utrpěl ztrátu svého schopného a nákladného námořnictva. Se zničeným loďstvem neměl Egypt možnost podpořit své síly v Řecku a byl nucen se stáhnout. Nakonec stálo tažení Muhammada Alího jeho námořnictvo bez jakýchkoli zisků.
Jako kompenzace za jeho a egyptské ztráty bylo zahájeno dobývání Sýrie. Stejně jako ostatní egyptští panovníci před ním toužil Alí ovládnout Levantu, a to jak pro její strategickou hodnotu, tak pro její bohaté přírodní zdroje. Sýrie měla nejen bohaté přírodní zdroje, ale také prosperující mezinárodní obchodní společenství s dobře rozvinutými trhy v celé Levantě. Pro zboží, které se nyní vyrábělo v Egyptě, by to byl lákavý trh. A co je možná nejlepší, Sýrie byla žádoucí jako nárazníkový stát mezi Egyptem a osmanským sultánem.
Bylo postaveno nové loďstvo, postavena nová armáda a 31. října 1831 začala pod vedením Ibrahima paši egyptská invaze do Sýrie první turecko-egyptskou válku. Egypťané snadno obsadili většinu Sýrie. Nejsilnější a jediný skutečně významný odpor kladlo přístavní město Akko. Egyptské síly nakonec město po šestiměsíčním obléhání dobyly. V průběhu obléhání vzrostly nepokoje na egyptské domácí frontě. Alí byl nucen stále více ždímat Egypt, aby podpořil své tažení, a jeho obyvatelům se zvýšená zátěž nelíbila.
Po pádu Akkonu se egyptská armáda vydala na sever do Anatolie. V bitvě u Konye (21. prosince 1832) Ibrahim paša tvrdě porazil osmanskou armádu vedenou velkovezírem Rešidem pašou. Mezi Ibrahimovými vojsky a samotnou Konstantinopolí nyní nestály žádné vojenské překážky.
Muhammad Alí v průběhu kampaně pozorně sledoval evropské mocnosti. Obával se dalšího zásahu, který by zvrátil všechny jeho úspěchy, a proto postupoval pomalu a opatrně. Například pokračoval v praxi používání sultánova jména při pátečních modlitbách na nově dobytých územích. Pokračoval v oběhu osmanských mincí, místo aby vydal nové s jeho podobiznou. p111 Dokud pochod Muhammada Alího nehrozil úplným zhroucením osmanského státu, zůstávaly mocnosti v Evropě pasivními pozorovateli.
Navzdory tomuto představení bylo nyní cílem Muhammada Alího odstranit stávajícího osmanského sultána Mahmúda II. a nahradit ho sultánovým synem, nemluvnětem Abdülmecidem. Tato možnost Mahmuda II. natolik znepokojila, že přijal ruskou nabídku vojenské pomoci. To vedlo k uzavření smlouvy v Hünkâr İskelesi. s72 Ruský zisk britskou a francouzskou vládu vyděsil, a tak se snažily o řešení prostřednictvím jednání. V květnu 1833 byla podepsána Kutahjská konvence.
Podmínkou míru bylo, že Alí stáhne svá vojska z Anatolie a jako kompenzaci obdrží území Kréty a Hádžázu. Ibrahim paša bude jmenován válečníkem Sýrie. Mírová dohoda však neobsahovala ustanovení o tom, že Muhammad Alí získá pro sebe nezávislé království, a zůstala mu tak nedostatečná. s122
