Sahm zemřel na infarkt myokardu ve spánku v motelovém pokoji v Taosu v Novém Mexiku 18. listopadu 1999. Je pohřben v Sunset Memorial Park v San Antoniu.
V roce 2000 vyšlo posmrtné album The Return of Wayne Douglas. Sahmův syn Shawn vede vlastní kapelu Tex Mex. V roce 1968 byli jako otec a syn na obálce časopisu Rolling Stone. Druhý syn Douga Sahma, Shandon Sahm, je od roku 2010 bubeníkem skupiny Meat Puppets.
Sahm byl zapsán do Jihotexaského hudebního chodníku slávy. V roce 2008 byl uveden do Austin Music Memorial v první skupině. V roce 2002 mu byla také udělena cena prezidenta Americana Music Association (AMA).
V roce 2008 bylo v texaském Austinu schváleno pojmenování Doug Sahm Hill v parku poblíž jezera Lady Bird Lake na jeho počest.
V říjnu 2012 zahrál Steve Earle na festivalu Hardly Strictly Bluegrass v Golden Gate Parku na počest Sahma. Jeho skupina zahrála několik Sahmových amerických písní.
Na hudebním festivalu South by Southwest (SXSW) měl premiéru dokumentární film Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove. Stalo se tak 19. března 2015 v texaském Austinu.