Město vyrostlo z farmy bývalého trestaneckého hostinského Timothyho Bearda. Stála na břehu řeky Molonglo. Původní název byl Quinbean, což znamená "čisté vody".
Queanbeyan se stal městem v roce 1838. Žilo zde asi 50 lidí. Některé z významných historických budov, které zde dosud stojí, byly postaveny v prvních letech. V roce 1851 zde byly nalezeny stopy zlata. Bylo zde také několik dolů na olovo a stříbro. Osadníci byli často okrádáni křováky, mezi něž patřili John Tennant, Jacky Jacky, Frank Gardiner a Ben Hall. V roce 1836 postavila vláda v Queanbeyanu poštovní úřad.
První banka byla otevřena v Queanbeyanu 19. září 1859. Byla to společnost Commercial Banking Company of Sydney Limited, která je nyní součástí National Australia Bank. The Golden Age, nyní nazývané The Queanbeyan Age, byly první noviny v Queanbeyanu, které v roce 1860 začal vydávat John Gale. V roce 1880 si John James Wright, první starosta Queanbeyanu, postavil dům na břehu řeky Queanbeyan. V roce 1982 se z domu stalo Queanbeyan Art Centre.
Železnice dosáhla nádraží Queanbeyan v roce 1887 a stala se křižovatkou tratí do Canberry a Bombaly. Nyní sem jezdí dva vlaky denně, a to na lince Countrylink Xplorer mezi Canberrou a Sydney.
Queanbeyan se stal významným venkovským městem s 16 hotely a šesti mlýny na mouku poháněnými větrem, vodou, koňmi a párou. V roce 1911 se Canberra stala hlavním městem státu. Nebyly zde žádné hotely, a tak lidé překračovali hranice, aby se mohli napít v queanbeyanských hotelech. Když se v roce 1926 do Canberry přestěhoval parlament z Melbourne, dostala Canberra první hotel.
Queanbeyan se stal městem 7. července 1972. V letech 1982-1989 hrál tým ragbyové ligy Canberra Raiders své domácí zápasy v Queanbeyanu na stadionu Seiffert Oval.