Protoplast je v moderní biologii to, co zůstane z buňky po rozpadu buněčné stěny. Zůstane tak buněčné jádro a okolní protoplazmatické materiály.
Definice: Protoplast je rostlinná, bakteriální nebo houbová buňka, jejíž buněčná stěna byla zcela nebo částečně odstraněna mechanickými nebo enzymatickými prostředky.
Vzhledem k tomu, že buněčné stěny jsou v různých říších tvořeny různě, používají se k jejich odstranění různé enzymy.
Buněčné stěny jsou tvořeny různými polysacharidy. Protoplasty lze vyrobit rozkladem buněčných stěn pomocí směsi příslušných enzymů rozkládajících polysacharidy:
| Typ buňky | Enzym |
| Rostlinné buňky | Celuláza, pektináza, xylanáza |
| Grampozitivní bakterie | Lysozym (+EDTA) |
| Houbové buňky | Chitináza |
Důvodem odstranění buněčných stěn je možnost použití mnoha různých experimentálních technik.
Protoplasty se hojně využívají k transformaci DNA (k výrobě geneticky modifikovaných organismů), protože buněčná stěna by jinak bránila průniku DNA do buňky. V případě rostlinných buněk lze protoplasty regenerovat na celé rostliny.