V departementu Pyrénées-Atlantiques se nacházejí 3 okresy. Francouzské departementy, ale i v jiných zemích, se dělí na arrondissementy, což lze do češtiny přeložit jako okresy (v některých případech jako čtvrti). Hlavní město arrondissementu se nazývá subprefektura.

Pokud se prefektura (hlavní město) departementu nachází v arrondissementu, je tato prefektura hlavním městem arrondissementu a plní funkci prefektury i subprefektury.

Arrondissementy se dále dělí na kantony a komuny.

Arrondissements byly ve Francii zřízeny v roce 1800 v rámci administrativních reforem a dodnes slouží jako státní správní jednotky pro výkon některých prefekturních funkcí. Nemají vlastní volené zastupitelstvo — jejich úkolem je především koordinace státních služeb na místní úrovni (např. vydávání administrativních dokumentů, organizace státních úřadů). Místní samosprávu vykonávají především komuny a jejich mezikomunitní struktury; kantony slouží zejména jako volební obvody pro volby do departementálních rad.

Okresy departementu Pyrénées-Atlantiques pokrývají oblasti historického Béarnu i Baskicka a liší se charakterem — od městských pobřežních oblastí po horské a venkovské partie Pyrenejí. Okresy jsou:

  • Pau — prefektura departementu, sídlo prefekta. Zahrnuje centrální a východní části departementu, historicky spojené s oblastí Béarn. Pau je největším městem departementu a administrativním centrem.
  • Bayonne — subprefektura se sídlem v Bayonne, pokrývá západní část departementu včetně pobřežních a baskických oblastí (Pays Basque). Bayonne je důležitým kulturním a ekonomickým centrem na pobřeží Atlantského oceánu.
  • Oloron-Sainte-Marie — subprefektura se sídlem v Oloron-Sainte-Marie, orientovaná na jihovýchod departementu, zahrnující venkovské a horské oblasti na úpatí Pyrenejí. Oblast je známá zemědělstvím, tradičními vesnicemi a přístupem do horské přírody.

Pro detailní informace o počtu komun, obyvatelstvu nebo hranicích jednotlivých arrondissementů je vhodné nahlédnout do aktuálních statistik INSEE nebo oficiálních dokumentů departementálních úřadů, protože hranice komun a mezikomunitní uspořádání se mohou časem měnit.