Haploskupina je skupina jednotlivých chromozomů neboli jednotlivých vláken DNA, které mají společného předka. Ve všech verzích mají stejnou mutaci.
Haploskupiny vykazují hluboký původ předků sahající tisíce let do minulosti.
V lidské genetice se obvykle studují haploskupiny Y chromozomů (Y-DNA) a haploskupiny mitochondriální DNA (mtDNA). Obě lze použít k vymezení genetických populací. Y-DNA se předává pouze z otce na syna, zatímco mtDNA se předává pouze z matky na děti. Ani jedna z nich se nerekombinuje, a proto se Y-DNA a mtDNA mění pouze náhodnými mutacemi bez míšení genetického materiálu rodičů.

