FC Twente byl založen 1. července 1965 jako spojení Sportclub Enschede a Enschedes Boys. Oba tehdejší profesionální fotbalové týmy v Enschede (Sportclub Enschede a Enschedese Boys) měly finanční problémy a byly nuceny se spojit. FC Twente začínalo v Eredivisie (nejvyšší nizozemské lize) a během několika let se zařadilo mezi špičku nizozemského fotbalu. V letech 1970-1980 se několikrát přiblížili k zisku mistrovského titulu, ale vždy prohráli ve finále. V roce 1974 skončili v Eredivisie druzí a v roce 1975 prohráli finále nizozemského poháru i finále Poháru UEFA (poté, co v semifinále porazili Juventus). Teprve v roce 1978 vyhráli nizozemský pohár (když ve finále porazili PEC Zwolle 3:0). V následujícím desetiletí (1980-1990) to s klubem šlo z kopce, přičemž sestup do Eerste Divisie (druhá úroveň nizozemského fotbalu) v roce 1983 byl historickým minimem. Do roka se však Twente vrátilo do Eredivisie. V devadesátých letech hrálo Twente v nizozemském fotbale skromnou roli, obvykle končilo kolem 5. místa v Eredivisie. V první dekádě 21. století začala zlatá éra. V roce 2001 vyhrálo FC Twente nizozemský pohár, když ve finále porazilo PSV Eindhoven na penalty. Toto vítězství vyvolalo ve východní části Nizozemska obrovské oslavy. Ukázalo to popularitu klubu v regionu, přestože FC Twente téměř nikdy nevyhrává žádnou cenu. V roce 2003 klub téměř zkrachoval a předsedou se stal Joop Munsterman. Pochopil potenciál tohoto klubu a vypracoval plán na zvýšení sportovní, ekonomické a sociální kapacity Twente. V roce 2008 byla velikost stadionu zvýšena z 13 500 na 24 000 míst. V roce 2011 byl stadion dále zvětšen na 30 000 míst. FC Twente opět hrálo na špici nizozemské ligy, což v roce 2010 vyústilo v jeho první národní titul. V roce 2006 vyhrálo také pohár Intertoto, v letech 2010 a 2011 získalo pohár Johan Cruijff Schaal a v roce 2011 Nizozemský pohár. V těchto letech FC Twente také zahájilo sociální program, jehož cílem je pomáhat nezaměstnaným lidem najít práci, podporovat handicapované lidi ve sportování a rozdávat zdarma místa na stadionu lidem, kteří si nemohou dovolit vstupenku.