Chromofor je část molekuly, která je zodpovědná za její barvu.

Barva vzniká, když molekula absorbuje určité vlnové délky viditelného světla. Přenáší nebo odráží pouze jiné vlnové délky, což způsobuje barvu, kterou vidíme.

V biologických molekulách, které zachycují nebo detekují světelnou energii, je chromofor ta část molekuly, která reaguje na dopad světla.

Chromatofory vytvářejí barvu v chromatoforech, což jsou buňky obsahující pigment a odrážející světlo, které se nacházejí u mnoha živočichů.