Everton začal hrát v roce 1878 pod názvem St Domingo's FC. Zpočátku byl určen pouze pro lidi, kteří chodili do kostela svatého Dominika, ale zájemců bylo tolik, že se k němu mohli připojit i lidé z okolí. O rok později byl klub přejmenován na Everton Football Club podle oblasti. Vůbec první zápas fotbalového klubu Everton se odehrál v roce 1879 proti týmu s názvem St Peter's. Everton vyhrál 6:0.
Everton vstoupil do FA Cupu v sezóně 1886/87. V prvním kole porazil Rangers 1:0. Jak se fotbal v Anglii stával stále populárnějším, kluby si uvědomily, že potřebují organizovanou ligu. V roce 1888 byla založena Football League. Everton byl jedním z 12 zakládajících členů. Preston North End vyhrál první dvě ligy a Everton vyhrál třetí ligu v roce 1891. V roce 1905 získal svou druhou trofej, FA Cup, ale další získal až v roce 1916. První dlouhé období úspěchů zažil Everton až v roce 1927. V roce 1925 podepsali smlouvu s Dixie Deanem, který v roce 1927 vstřelil 60 gólů ve 39 zápasech, čímž vytvořil nový světový rekord a dovedl Everton k dalšímu ligovému titulu. V sezóně 1930/1931 Everton sestoupil do druhé ligy. Do roka však opět postoupil a od té doby klub kromě sezóny 1950/51 (která vyústila ve tři sezóny ve druhé lize) již nesestoupil. Tím se stali anglickým fotbalovým týmem s největším počtem po sobě jdoucích sezón v nejvyšší anglické fotbalové lize, nepočítáme-li Arsenal, který je v nejvyšší soutěži nepřetržitě od sezóny 1919/20.
Druhé úspěšné období Evertonu přišlo po roce 1961, kdy byl manažerem jmenován Harry Catterick. V letech 1961-1970 získal Everton pod Catterickovým vedením dva ligové tituly a čtyři poháry. Tento úspěch však netrval dlouho a po třech letech, kdy Catterick v lize neuspěl, ve funkci skončil. Po zbytek 70. let se klub pohyboval ve středu tabulky a vystřídala se řada neúspěšných manažerů. V roce 1981 klub jmenoval novým manažerem Howarda Kendalla. Ten Everton změnil a nakonec se stal nejúspěšnějším manažerem v historii klubu, když v letech 1981-1987 získal dva ligové tituly a tři poháry. Tato éra přinesla Evertonu také jediný evropský titul, Pohár vítězů pohárů v roce 1985. Ve finále zvítězil 3:1 nad rakouským Rapidem Vídeň. V semifinále Everton porazil německého mistra Bayern Mnichov 3:1. Tento zápas byl v Goodison Parku označen za nejlepší zápas všech dob.
V roce 1985 zemřelo několik fanoušků Liverpoolu a Juventusu, když se na stadionu v belgickém Heyselu poprali. UEFA rozhodla, že hlavní vinu nesou fanoušci Liverpoolu. Kvůli tomu nesměly všechny anglické kluby hrát proti evropským týmům až do roku 1991. Tím byla Evertonu odepřena možnost obhájit evropský titul a tým se postupně rozpadl a mnoho svých nejlepších hráčů prodal do jiných evropských klubů. Na začátku 90. let se klubu příliš nedařilo, dvakrát málem sestoupil a měl velké finanční problémy. Přesto se stal jedním z prvních účastníků nové anglické Premier League, když v roce 1992 začala. Pod vedením manažera Joea Roylea, který převzal klub v roce 1994, byli poměrně úspěšní. Ve své druhé sezóně v čele Evertonu zabránil sestupu a vyhrál FA Cup, první klubovou trofej po sedmi letech. Pod Roylem se klub neustále zlepšoval a v sezónách 1996 a 1997 skončil na 6. a 7. místě.
Po dvou sezónách však šly výkony klubu dolů a Kendall byl propuštěn poté, co se v sezóně 1998-99 jen těsně vyhnul sestupu. Na tři sezóny převzal klub bývalý hráč Walter Smith, ale nepodařilo se mu dosáhnout dobrých výsledků. Utratil spoustu peněz, ale tým na dobré ligové pozice nepřivedl. V roce 2002 převzal tým David Moyes a stal se jedním z nejúspěšnějších manažerů klubu. Pod jeho vedením se klub pravidelně umisťoval v první desítce a v roce 2005 skončil na 4. místě, což bylo jeho historicky nejvyšší umístění v Premier League. Čtvrté místo znamenalo kvalifikaci do Ligy mistrů UEFA v následující sezóně. Tým opustil v roce 2013, po 11 letech.
Pod jeho vedením se do prvního týmu dostal Wayne Rooney, který byl rychle prodán do Manchesteru United za 28 milionů liber, což byla rekordní částka. Od roku 2005 se Everton pravidelně umisťoval v první osmičce, v roce 2007 se dostal do posledního šestnáctého kola Poháru UEFA a v roce 2009 postoupil do finále FA Cupu. Moyes také v roce 2008 znovu překonal přestupový rekord, když podepsal Marouana Fellainiho.
Na konci sezony 2012/13 Moyes z klubu odešel do Manchesteru United. Nahradil ho Roberto Martínez. Ten dovedl Everton do semifinále EFL Cupu a FA Cupu v sezóně 2015-16. Dva zápasy před koncem sezony byl kvůli špatným výkonům propuštěn.
V létě 2016 ho nahradil Ronald Koeman. Ve své první sezóně v klubu dovedl tým do skupinové fáze Evropské ligy poté, co v předchozí sezóně Premier League skončil na 7. místě. V následující sezóně byl propuštěn poté, co klub zanechal v sestupovém pásmu.
