Shinya Yamanaka (narozen 4. září 1962 v Ósace) je japonský lékař. Spolu s Johnem Gurdonem obdržel Nobelovu cenu za fyziologii nebo lékařství za rok 2012. Wolfovu cenu za medicínu získal v roce 2011 společně s Rudolfem Jaenischem; a cenu Milénia za technologie v roce 2012 společně s Linusem Torvaldsem.
Zabývá se výzkumem dospělých kmenových buněk. Je ředitelem Centra pro výzkum a aplikaci iPS buněk a profesorem na Ústavu hraničních lékařských věd na Kjótské univerzitě. Je také vedoucím výzkumným pracovníkem v Institutu J. Davida Gladstona v San Francisku v Kalifornii, který je součástí UCSF; a profesorem anatomie na Kalifornské univerzitě v San Francisku (UCSF). Yamanaka je také současným prezidentem Mezinárodní společnosti pro výzkum kmenových buněk (ISSCR).