Flamsteed je také vzpomínán pro své spory s Isaacem Newtonem, tehdejším předsedou Královské společnosti. Flamsteed odmítal publikovat dílo objednané králem, a tak v roce 1712 Newton a Edmond Halley vydali předběžnou verzi Flamsteedova díla Historia Coelestis Britannica. Učinili tak bez uvedení autora.
O několik let později se Flamsteedovi podařilo koupit mnoho výtisků knihy a veřejně je spálil před Královskou observatoří. Číselné označení hvězd v této knize se však stále používá a je známé jako Flamsteedovo označení.
V roce 1725 vyšla posmrtně Flamsteedova vlastní verze Historia Coelestis Britannica, kterou vydala jeho manželka Margaret. Ta obsahovala Flamsteedova pozorování a zahrnovala katalog 2 935 hvězd s mnohem větší přesností než jakékoli předchozí dílo. Byl považován za první významný přínos greenwichské hvězdárny. V roce 1729 vydala jeho manželka Atlas Coelestis, přičemž jí pomáhali Joseph Crosthwait a Abraham Sharp, kteří byli zodpovědní za technickou stránku.