Dějová linie hry Bionicle z let 2001-2008 se odehrávala ve světě science fantasy, který obývají převážně částečně organické a částečně strojové bytosti v podzemním světě, jenž existuje v masivních kopulích pod zemí. Tento svět (přezdívaný "Matoranský vesmír") a jeho rasy kdysi chránil Velký duch jménem Mata Nui, dokud ho zlý Makuta Teridax a Bratrstvo Makuty neuvrhli do věčného spánku. Svět Matoranů se začal rozpadat. Ale maska života, která byla uložena v Mata Nui, byla vyslána do vesmíru, aby našla novou planetu. Maska přistála na planetě Bara Magna a maska vytvořila malé tělo.
V roce 2009 začala zcela nová sága příběhové linie, která opustila předchozí roky a vydala se vstříc novým možnostem, když Mata Nui po vyhnání Makutou Teridaxem ztroskotala na záhadné pusté planetě zvané Bara Magna. Zde se stává středobodem příběhu a získává nové spojence, když se snaží najít způsob, jak zachránit Matorany a Toa před tyranskou vládou Makuty Teridaxe.
2001 - Hledání masek
Příběh začíná šesti Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu a Onua přijíždějí na ostrov známý jako ostrov Mata Nui a nepamatují si nic jiného než svá jména. Zjistili, že jeho obyvatelé, vesničané Matorané, čelí neustálým útokům nakažených Rahi, divokých bestií ovládaných mocným vlivem Makuty Teridaxe pomocí masek nakažených Kanohi, což způsobilo válku, která trvala asi 1000 let. Po hledání a nalezení mnoha masek Kanohi obdrží každý Toa zlatou masku Kanohi s obrovskou mocí a vyhledá samotného Makutu. Poté, co se Toa utkají s divokými kraby Manas a Stínovými Toa (zlé dvojníky připomínající iluzorní repliky Toa ), se postaví Makutovi a porazí ho spojením svých elementárních sil.
2002 - Roje v Bohroku
Po jeho porážce Makuta osvobodil prastarého Bohroka. Bohrok jsou robotičtí drony, kteří byli navrženi tak, aby "vyčistili" ostrov Mata Nui do stavu "před časem". Bohrokové začali ničit vesnice na ostrově a nutili Matorany k útěku. Jeden vynalézavý Matoran ze Země, Nuparu, sestrojí výkonné vozidlo zvané Boxor, vyrobené z částí poškozeného Bohroku, aby se mohl rojům bránit. Toa, aniž by věděli, k čemu Bohrok slouží, shromáždili Bohrokovy Krany (masky, které fungují jako jejich mozky), aby se postavili královnám Bohroků, Bahragům: Cahdok a Gahdok. Poražení Cahdok a Gahdok jsou uzavřeni ve vězení vytvořeném živelnými silami Toa. Toa Mata jsou poté vystaveni působení látky zvané Energizovaná protodermis, která je promění a propůjčí jim novou zbroj a zbraně. Přejmenují se na Toa Nuva.
2003 - Stávka Bohrok-Kal a maska světla
Když jsou Cahdok a Gahdok poraženi, jsou roje Bohroků zastaveny a vráceny do svých úlů. Objevilo se však šest nových elitních Bohroků, zvaných Bohrokal, s cílem osvobodit Bahraga. Poté pokračovali v krádeži schopností Toa Nuva, které jsou klíčem k prolomení pečeti. Na pokraji porážky Toa vnutili Bohrok-Kal všechny své síly, přetížili je a porazili.
Krátce poté dva Matorané, Takua a Jaller, objevili světelnou masku Kanohi. Dostali za úkol cestovat po ostrově Mata Nui a najít Toa Světla. Mezitím Makuta vytvořil a vyslal šest tvorů zvaných Rahkshi, aby masku našli a zastavili příchod Toa Světla. Rahkshi se prohnali napříč Mata Nui a zničili vesnice Ta-Koro a Onu-Koro. Toa Rahkshi zastavili, ale ne dříve, než zabili Jallera. Jallerova smrt způsobila, že si Takua uvědomil, že je Toa Světla, a nasadil si masku a stal se Toa Takanuvou. Takanuva se vydal čelit Makutovi a během jejich souboje oba spadli do kaluže energetizované protodermis, stříbřité látky s mocí měnit nebo ničit bytosti, a splynuli spolu v bytost Takutanuva. Takutanuva poté otevřel dveře do města Metru Nui a nechal Matorany a Toa projít. Pomocí části své životní energie oživil Jallera, zatímco stále držel dveře otevřené. Použití energie však bylo příliš velké a dveře Takutanuvu rozdrtily, čímž zřejmě zabily Takanuvu i Teridaxe a zanechaly po sobě pouze Takanuvovu Masku světla. Takanuva byl okamžitě oživen, když byla jeho maska použita k aktivaci majáku na Metru Nui. Poté se Matorané připravili na návrat do ostrovního města Metru Nui.
2004 - Legendy Metru Nui
Když se Matorané připravovali na cestu na Metru Nui, Turagové (starší vesnice) jim prozradili, že kdysi byli Toa a bojovali na Metru Nui proti hrozbám, jako je rostlinná nestvůra Morbuzakh a donucovací oddíly Vahki ovládané Dume. Jako Matorané byli přeměněni v Toa Metru pomocí Toa kamenů obsahujících sílu, které obětovali Toa Lhikan. Jejich úkolem bylo najít šest Velkých disků a porazit Morbuzakha, rostlinnou hrozbu, která hrozila zničit město. Když se jim to však podařilo, zradil je Dume, Turaga města. Později zjistili, že Makuta Teridax se převlékl za Dumeho a převzal kontrolu nad Vahky (roboty prosazujícími zákon). Jeho plánem bylo uspat Matorany, vymazat jim paměť a znovu je probudit "jako jejich dobyvatele". Toa uprchli, ale byli napadeni Teridaxem. Spojením svých elementárních sil se jim podařilo Teridaxe uzavřít ve vězení z krystalické protodermis. Toa odcestovali na nový ostrov, který byl později znám jako Mata Nui, a slíbili, že se vrátí, aby zachránili Matorany.
2005 - Pavučina stínů
Vracejí se. Na ostrově však vládne zlý král Sidorak a jeho místokrál Roodaka se zákeřnými pavoučími tvory zvanými Visorak. Toa byli brzy zajati a zmutováni v bestiální Toa Hordika. Aby se Toa vrátili do normálního stavu, vyhledali legendárního Rahi Keetongu. Toa Vakama však zradil ostatní Toa a přidal se k Sidorakovi, který z něj udělal vůdce Visoraků. Ostatní Toa se postavili hordě Visoraků ve velké bitvě a přesvědčili Vakamu, aby se k nim znovu připojil. Vakama pak nařídil, aby se Visorakové osvobodili. Keetongu pak zabil Sidoraka, kterého Roodaka a Vakama zradili. Šest Toa pak porazilo Roodaka všemi šesti svými živlovými silami. To však mělo vedlejší účinek v podobě osvobození Makuty, protože Roodaka měl u sebe fragment jeho vězení. Toa ji z tohoto důvodu zasáhli. Poté, co je Keetongu obnovil, Toa Metru přivedli Matorany na nový ostrov. Když obětovali svou sílu, aby probudili Matorany, stali se z nich Turagové a později na tomto ostrově založili nové vesnice zvané Mata Nui.
2006 - Ostrov zkázy
Toa Nuva se dozvěděli, že Mata Nui nejen spí, ale i umírá. Aby ho zachránili, musí se vydat na ostrov Voya Nui a hledat tajemnou Kanohi Igniku, Masku života. Toa Nuva se vydávají na tuto dobrodružnou cestu, ale rychle je zajme šest nových a mocných nepřátel, Piraků: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak a Avak. Ti hledali masku pro své vlastní temné cíle. Když se Toa nevrátili, vydala se za nimi skupina šesti Matoranů. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu a Matoro uprchli na ostrov v kanystrech Toa, ale během cesty je blesky světla z Rudé hvězdy proměnily v Toa Iniku. Po příjezdu se dozvídají o Piracích a o tom, jak zotročili místní Matorany tím, že se vydávali za falešné Toa, aby je donutili postavit pevnost. S pomocí malého matoranského odboje a starobylého strážce Axonna se Toa Inika podařilo osvobodit Toa Nuva, najít chrám masky a bojovat s Piraky i dalšími tvory, kteří jej střežili. Nakonec z toho vyšli vítězně i s Kanohi. Maska života však měla svou vlastní vůli a v poslední chvíli se jim všem vyhnula a vrhla se do mořských hlubin.
2007 - Moře temnoty
Po honbě za Maskou života sestoupili Toa Inika do vod poté, co dostali záhadnou nápovědu "zachraň potopené město" od neznámého Matorana, který zachránil Hahliho před utonutím za cenu toho, že zemřel na dekompresní nemoc.Výbuch energie z Masky života proměnil Toa Inika ve formu dýchající vodu. Objevili obydlenou vesnici Mahri Nui, která se před tisíci lety oddělila od Voya Nui a potopila se. Vesnici ohrožovali dávní válečníci známí jako Barraki, kteří zmutovali v nedalekých mutagenních vodách zvaných "Jáma". Toa, nyní známí jako Toa Mahri, se postavili Barrakům, aby přežili. Než však Toa masku získali, Velký duch zemřel. Toa Matoro si uvědomil, že stále existuje naděje, a spěchal do jádra vesmíru a obětoval svůj život, aby oživil Mata Nui. V posledních chvílích svého života Toa Matoro použil sílu Masky, aby teleportoval Toa Mahri zpět na Metru Nui a umožnil jim znovu dýchat vzduch. Život Velkého ducha byl zachráněn, ale ještě musel být probuzen.
2008 - Poslední bitva
Poté, co jim Artakha dal novou zbroj a zbraně, dorazili Toa Nuva na Karda Nui, do jádra vesmíru. Tam se setkali s Makutou, který se snažil proměnit populaci Av-Matoranů - Matoranů Světla - ve Stínové Matorany. Toa Nuva pomohl příchod Takanuvy, který nyní díky útoku stínové pijavice dokáže ovládat Světlo i Stín, a Toa Ignika, který je samotnou Maskou života. Kanohi Ignika si vytvořil tělo, protože si přál vyzkoušet, jaké to je být živou bytostí. Společnými silami se dostali ke stavbě v centru Karda Nui zvané Codrex, kde Toa Ignika musel obětovat své nové tělo, aby probudil Mata Nui. Takanuva s pomocí zbývajících nezkažených Av-Matoranů vrátil Stínovým Matoranům jejich předchozí stav. Krátce poté Toa unikli z jádra dříve, než je mohla zničit energetická bouře způsobená probuzením Mata Nui. Makutům se však nepodařilo uniknout a všichni byli zabiti. Zpět na Metru Nui se probuzení Mata Nui oslavovalo, ale oslavy byly přerušeny, když vyšlo najevo, že Teridax převzal tělo Mata Nui, které se ukázalo být vesmírem Matoranů. Uvěznil ducha Mata Nui v Masce života a poslal ho letět do vesmíru, aby bývalý Velký duch nemohl zasahovat do jeho kontroly nad vesmírem.
2009 - Znovuzrození legendy
Příběh Bionicle pokračuje poté, co byl Mata Nui vyhnán ze svého těla Makutou Teridaxem na planetu Bara Magna. S výjimkou několika druhů divoké zvěře je Bara Magna pustá pouštní planeta, na které je jen málo zdrojů, a tak má každý kmen na planetě několik bojovníků, kterým se říká Glatoriané, kteří za ně bojují. Tyto zdroje, jako je jídlo a voda, jsou podle toho rozdělovány. Obyvatelé tohoto světa se nazývají Agori. Agoriové dohromady tvoří šest různých kmenů, z nichž každý je spojen s určitým regionem. Poté, co Maska života přistane na Bara Magně, vytvoří tělo, které Mata Nui použije. Mata Nui se pak spojí s několika Glatorianami, aby porazil spojené síly Skrallů a Lovců kostí, dvou hlavních hrozeb pro vesnice, a hledá způsob, jak se vrátit do svého těla. S pomocí svých nových přátel Glatorianů a Agoriů odhalí zrádce známého jako Metus a porazí Skrally a Lovce kostí. Pomůže vesnicím světa se sjednotit, vezme všechny obří kusy robotů a spojí je do velkého prototypu robotického těla, těla podobného tomu, v němž sídlí Matoranský vesmír.
2010 - Konec cesty
Po porážce Skralla a sjednocení ostatních vesnic se Mata Nui postaví výzvě vzít si zpět své staré tělo od Teridaxe. Dozvídá se, že byl stvořen Velkými bytostmi na planetě Spherus Magna, která je nyní rozdělena na měsíc džungle (Bota Magna), měsíc oceánu (Aqua Magna) a zbývající pouštní planetu (Bara Magna), což je důsledek války o jádro. Mata Nui se také dozvídá, že před jeho sestrojením existoval předchozí robot, který Agoriové používají jako svůj domov. Agori z Tesary jménem Tarduk pomůže Matě Nui tím, že mu ukáže prastarý zdroj energie, který by mohl starého robota pohánět.
Na této poslední cestě se dva hrdinové vracejí, aby dokončili boj: Tahu, který se vrátil do své původní podoby a nosí mocnou zlatou zbroj, a Takanuva. Pomáhá jim Greš. Bojují se Skakdským válečníkem, Nektannem, aby porazili Makutu a jeho armádu; hordami Rahkshi, vyzbrojenými tepelným viděním, a Skrallem.
Příběh pokračuje a síly Matoranského vesmíru i Glatorianů čelí blížícímu se útoku Skakdi, Rahkshi a Skrallů. Zlaté brnění, rozmetané Makutovým výbuchem, sbírají Tahu, Gresh a Takanuva od mnoha nepřátel. Tahu porazí skakdského vojevůdce Nektanna a poté si nasadí brnění, které zpopelní všechny Rahkshi Kraaty na Bara Magně.
Teridax prohlásí, že gravitační energií zničí Bara Magnu, dokud Mata Nui nezatlačí jeho ruku vzhůru a Teridax vyšle energetickou vlnu na měsíce nad ním. Mata Nui zatlačí Teridaxe zpět do jednoho z útočících měsíců, zeleného měsíce Bota Magna, jehož náraz zničí jeho hlavní procesor, což Teridaxe zabije. Mata Nui pak v duchu oplakává bratra, kterého mohl mít.
Finále končí, když Mata Nui využije svou sílu a moc Masky života, aby znovu spojil Spherus Magna, uzdravil ty, kteří zmutovali díky Pit Mutagenu, vrátil na planetu život a obnovil zničené geografické prvky. Napětí způsobí, že se jeho energetické jádro rozptýlí a zničí prototyp robota. Když Glatorian a Toa objeví Ignika nepoškozeného na místě, kde byl Mata Nui, promluví k nim Mata Nui z Masky života. Řekne jim, že budoucnost je jejich vlastní a že ji mají budovat. Poté zůstává v Ignice nečinný. Agoriové, Matorané, Toa, Glatoriané a všichni ostatní začínají nový život na Spherus Magna.
Budoucnost Bionicle
Hračková řada Bionicle skončila koncem roku 2009, poté, co byly dokončeny sady pro rok 2010, a v létě 2010 ji nahradila Hero Factory, motiv Lego, který je kompatibilní se sadami Bionicle. Přesto však příběh pokračuje v seriálech, které píše Greg Farshtey online na stránkách BIONICLEstory.com.