Příběh se odehrává na palubě bitevní lodi HMS Indomitable v roce 2012. 1797 během francouzských revolučních válek. Na začátku je krátký prolog a na konci epilog, během něhož starý kapitán vzpomíná na příběh, který se stal před mnoha lety. Zbytek opery tento příběh vypráví.
Prolog
Starý kapitán Vere vzpomíná na svůj život a na dobu, kdy sloužil u námořnictva. Přemýšlí o tom, co se před několika lety stalo Billymu Buddovi, a je mu smutno, protože ho nedokázal zachránit.
1. dějství
Posádka lodi Indomitable pracuje na palubě. Pracuje tam nový muž (nováček). Uklouzne a narazí do důstojníka. Novic je za to krutě zbičován. Ve stejnou chvíli přichází další člen posádky se třemi novými mladíky, kteří byli dotlačeni (donuceni), aby přišli pracovat na loď. Jedním z těchto tří mužů je Billy Budd.
Billy Budd je ve své nové práci velmi spokojený. Uvědomuje si však, jak krutě s ním bude zacházeno. Muž, který má posádku na starosti, je Claggart. Je to vrchní zbrojmistr a je velmi krutý. Říká, že si myslí, že Billy Budd je dobrý mladý muž, i když koktá. Billy se šťastně loučí s lodí, na které pracoval a která se jmenuje Rights of Man. Nevidí ironii v názvu té lodi (tam měl alespoň nějaká práva, ale teď se s ním bude špatně zacházet. Slovo "nezdolný" znamená: "něco, co nelze porazit"). Claggartovi se Billyho chování nelíbí a řekne Squeakovi, aby ho pečlivě sledoval.
Novic se vrací z bičování. Má takové bolesti, že nemůže chodit. Billy je šokován, ale myslí si, že s ním samotným se takhle zacházet nebude, dokud bude dodržovat lodní pravidla.
Dansker novým mužům řekne, že kapitán Vere má přezdívku "Hvězdný Vere". Billy si myslí, že to musí být dobrý muž, a přísahá mu věrnost, i když ho ještě neviděl. Ve čtyřaktové verzi kapitán Vere přichází na palubu a povzbuzuje muže, aby si v bitvě vedli dobře.
2. dějství
Kapitán Vere ve své kajutě hovoří se svými důstojníky o francouzské revoluci. Mluví o vzpourách, které se staly v britském námořnictvu. Důstojníci říkají, že Billy by mohl způsobit potíže, ale Vere si myslí, že jeho muži jsou všichni dobří.
Když Billy zjistí, že mu Squeak prohledává věci, rozzlobí se a jeho koktání se zhorší. Srazí Squeaka na zem. Zdá se, že Claggart je na Billyho straně, a tak není potrestán. Claggart však chce být na Billyho zlý. Dá novicovi nějaké peníze a řekne mu, že má Billyho přesvědčit, aby začal vzpouru, a že má Billymu dát peníze jako úplatek. Novic se neodváží odmítnout. Billy úplatek odmítne a myslí si, že bude odměněn, ale Dansker ho varuje, že Claggart je nebezpečný. Billy je příliš naivní na to, aby pochopil, co mu Dansker říká. Zazpívají duet, v němž Billy zpívá, jak je život na lodi báječný, a Dansker se snaží Billyho varovat před Claggartem: "Jemmy-legs se na tebe sesypal".
3. dějství
Claggart začne Veremu vyprávět, že Billy by mohl způsobit potíže, ale je přerušen, když se objeví francouzská loď. Indomitable zaútočí, ale v mlze ztratí nepřítele z dohledu. Claggart se vrátí a řekne Veremu, že Billy představuje hrozbu vzpoury. Vere mu nevěří a pošle pro Billyho, aby s ním Claggart mohl promluvit.
Později ve Verově chatě Claggart v Billyho přítomnosti zopakuje falešné obvinění. Billy se opět začne zajíkat, protože je velmi rozzlobený. Nemůže mluvit, udeří Claggarta a zabije ho. Kapitán musí dát důstojníky dohromady. Ti rozhodnou, že Billy je vinen, a odsoudí ho k oběšení. Billy prosí Vereho, aby ho zachránil, a důstojníci se ho ptají, co mají dělat, ale Vere mlčí. Jde do kajuty, kde je Billy držen. Hudba naznačuje, že kapitán vypráví Billymu o jeho rozsudku smrti.
4. dějství
Dansker přinese Billymu pití. Řekne mu, že posádka je ochotna se kvůli němu vzbouřit, ale Billy svůj osud přijme. Časně ráno se posádka shromáždí na palubě a Billy je popraven. Těsně před smrtí chválí Vereho a zpívá: "Hvězdný Vere, Bůh ti žehnej!" a zbytek posádky jeho slova opakuje.
Epilog
Vere jako starý muž vzpomíná na Billyho pohřeb v moři. Přemýšlí o tom, jak mu mladík požehnal, když umíral, a uvědomuje si, že to byla skutečná dobrota. Vere je nyní smířený sám se sebou. Orchestr přestane hrát a Vereův hlas je slyšet, když světla pohasnou.
