Barvení se v mikroskopii používá k tomu, aby byly buňky a tkáně lépe viditelné a pochopitelné.
Jedná se o způsob, jak zlepšit kontrast mikroskopického obrazu. Barviva a barviva se často používají v biologii a medicíně ke zvýraznění struktur v biologických tkáních, často s pomocí různých mikroskopů.
Barvení lze provádět na živých tkáních (in vivo) nebo na mrtvých tkáních (in vitro).
Odumřelou tkáň je třeba "zafixovat", aby se nerozkládala. Fixační prostředek udržuje strukturu takovou, jaká je. Po fixaci lze tkáň nakrájet na tenké plátky a položit na řadu skleněných mikroskopických sklíček. Občas je nutné rozpustit buněčné membrány, aby se do buněk dostaly velké molekuly barviva. Standardy jsou publikovány v časopise Biotechnic & Histochemistry.
Nejjednodušší způsob je ponořit sklíčko se vzorkem do roztoku barviva, poté jej opláchnout a vyšetřit. Používaná barviva jsou certifikovaná barviva, testovaná Komisí pro biologická barviva.
Barvení podle Grama se používá ke klasifikaci bakterií. Je založeno na složení jejich buněčné stěny. K barvení podle Grama se používá krystalová violeť k obarvení buněčných stěn, jód jako mořidlo a protibarvivo, které označí všechny bakterie.
Grampozitivní bakterie se barví tmavě modře nebo fialově. Jejich buněčná stěna postrádá sekundární membránu a lipopolysacharidovou vrstvu, které se vyskytují u gramnegativních bakterií.
Na většině preparátů barvených podle Grama jsou gramnegativní organismy červené nebo růžové od protibarviva.
Barvení hematoxylinem a eozinem se často používá v histologii pro tenké řezy tkání. Hematoxylin barví buněčná jádra modře, zatímco eosin barví cytoplazmu, pojivovou tkáň a další extracelulární látky růžově nebo červeně.
Eosin je silně absorbován červenými krvinkami a zbarvuje je jasně červeně. V šikovně zhotoveném preparátu H&E jsou červené krvinky téměř oranžové a kolagen a cytoplazma (zejména svalová) mají různé odstíny růžové. Hematoxylin zbarví buněčné jádro a další kyselé struktury (například části cytoplazmy bohaté na RNA a matrix hyalinní chrupavky) modře. Naproti tomu eosin barví cytoplazmu a kolagen na růžovo.
Rychlým a jednoduchým barvením, které se používá na krevní nátěry a buňky lidské tváře, je methylenová modř, která barví jádra. Existuje mnoho dalších specializovaných barvení, některá fluoreskují ve speciálním světle.
