Příběh se má odehrávat v polovině 14. století v Janově. Janov (italsky Genova) je dnes město v Itálii, ale v té době Itálie ještě nebyla jedním státem a Janov byl stejně jako Benátky malou republikou, které vládl dóže (česky se vyslovuje "dódž". Je to italské slovo znamenající "vévoda"). Až do doby, kdy se odehrává tento příběh, byl dóže vždy vybírán z řad bohatých patricijů. Obyčejní, prostí lidé (plebejci), nemohli být za dóžete vybráni.
Na začátku příběhu je Fiesco janovským dóžetem. Má dceru Marii. Maria se zamilovala do Simona Boccanegry, který je plebejec, takže by nebyl dost významný na to, aby si ji směl vzít, i když se stal hrdinou, protože bojoval se spoustou pirátů. Simonovi a Marii se narodilo dítě, mladá dívka. Po narození ji dali na hlídání staré ženě, ale ta jednoho dne zemřela a malé dítě se zatoulalo samo. Na břehu moře ji našel potulující se hrabě Grimaldi, který se jí ujal a staral se o ni jako o vlastní dítě.
Nikdo neví, co se dítěti stalo. Hrabě Grimaldi neví, kdo je. Myslí si, že je sirotek.
Prolog
Když opera začíná, Paolo, vůdce plebejské strany, přesvědčuje Pietra, aby plebejce povzbudil k volbě Simona Boccanegry za nového janovského dóžete. Boccanegra přichází a souhlasí, že pokud bude zvolen, stane se dóžetem. Šimon si myslí, že díky tomu by mu Fiesco dovolil oženit se s Marií. Fiesco už tři měsíce zavírá svou dceru v paláci, protože měla se Simonem dítě.
Maria umírá (v opeře ji nikdy neuvidíme). Fiesco nyní oplakává smrt své dcery. Simon prosí Fiesca, aby mu odpustil. Fiesco mu neřekne, že Maria právě zemřela. Slíbí mu, že mu odpustí, jen když mu Simon nechá svou vnučku. Simon vysvětluje, že nemůže, protože dítě zmizelo. Jde do Mariina pokoje a zjistí, že je mrtvá. Lidé radostně zpívají, protože Šimon je nový dóže.
1. dějství
Příběh prvního dějství se odehrává o 25 let později. Simon je stále dóže. Mnoho svých nepřátel poslal do vyhnanství a sebral jim majetek. Jedním z vyhnaných je i hrabě Grimaldi. Na hradě Grimaldiů si Fiesco říká Andrea Grimaldi, aby lidé nevěděli, kdo je. Spřádá plány se Simonovými nepřáteli, aby ho svrhli. Neví, že jeho vnučka (Simonova dcera) je mladá dáma jménem Amelia Grimaldiová, která žije na hradě.
Na začátku prvního dějství vidíme Amelii, jak zpívá krásnou píseň o jitru, moři a hvězdách. Má milence Gabriela Adorna. Když přijde, varuje ho před nebezpečím politického spiknutí. Přináší zprávu, že přijíždí dóže. Amélie se obává, že ji dóže donutí vzít si Paola, a proto požádá Gabrieleho, aby okamžitě požádal Andreu (což je ve skutečnosti Fiesco) o povolení k jejich sňatku. Fiesco souhlasí. Řekne Gabriele, že to byl chudý sirotek, který byl nalezen (neuvědomuje si, že je to jeho vnučka). Gabriele říká, že ho to nezajímá, a tak Fiesco sňatku požehná.
Vstoupí Simon. Řekne jí, že hraběti Grimaldimu bylo odpuštěno a může se vrátit domů. Ptá se jí, zda by si chtěla vzít Paola, ale ona odmítá. Řekne mu, že je sirotek, a ukáže mu medailonek s fotografií své matky. Simon si uvědomí, že Amélie je jeho dávno ztracená dcera. Jsou velmi šťastní, že se našli. Když vstoupí Paolo, Simon mu řekne, že si ji nemůže vzít. Paolo se rozzuří a rozhodne se Amelii unést.
V další scéně vidíme Šimona obklopeného plebejskými a patricijskými členy rady. Diskutují o tom, zda mají uzavřít mír s Benátskou republikou. Najednou vstoupí dav, který křičí, aby Šimona zabili. Pronásledují Gabriela. Gabriele se přiznává, že zabil Lorenzina za pokus o únos Amélie. Když Lorenzino umíral, řekl, že mu důležitá osoba řekla, aby ji unesl. Adorno se domnívá, že únos musel nařídit Simon. Chystá se na něj zaútočit, když vtom přiběhne Amélie a rvačku zastaví Simon, který Gabriela zatkne. Uvědomí si, že skutečným únoscem musí být Paolo, a donutí všechny (včetně Paola), aby ho prokleli. Na konci představení zůstává Simon s dcerou na jevišti sám.
2. dějství
Paolo je vyděšený. Rozzuří se na Simona a rozhodne se, že ho musí otrávit. Přivede Fiesca a Gabriele. Fiescovi řekne, že může být volný, pokud Simona zavraždí. Fiesco odmítá. Právě když se Fiesco a Gabriele chystají odejít, Paolo se Gabrieleho zeptá, zda ví, že Amélie je zde v paláci a má poměr se Simonem. Gabriele zuří. Když Amélie vstoupí, popře to. Řekne Gabrielemu, že ho miluje, a snaží se ho přesvědčit, aby odešel, ale Simon přichází a Gabriele se schová.
Amelia řekne Simonovi, že by pro Gabrielu zemřela. Simon souhlasí, že mu odpustí. Napije se z otrávené sklenice vína, kterou Paolo postavil na stůl, a usne. Gabriele se ho pokusí zabít, ale Amélie mu v tom zabrání. Simon se probudí. Řekne Gabrielemu, že Amelie je jeho dcera. Gabriele prosí Simona o odpuštění a slibuje, že za něj bude bojovat.
3. dějství
Ta se koná ve velkém sále s výhledem na přístav. Fiesco je propuštěn na svobodu, ale Paolo je odsouzen k smrti za vedení povstání proti dóžatům. Paolo řekne Fiescovi, že otrávil Simona. Fiesco jde za Simonem, který nyní umírá (jed působí pomalu). Simon poznává svého starého nepřítele, kterého považoval za mrtvého. S radostí mu sdělí, že Amélie je jeho dávno ztracená vnučka. Fiesco je strašně smutný a řekne Simonovi o jedu. Gabriele a Amelie se právě vzali. Zjistí, že její otec a dědeček jsou nyní přátelé. Simon žádá, aby se Gabriele stal příštím dóžetem, až zemře. Fiesco jde k oknu a oznámí davu, že Gabriele Adorno je nyní novým dóžetem a že Simon Boccanegra je mrtev.
