Když v roce 1939 odešel do důchodu, měl na to nárok a Asociace amerických baseballových novinářů (BBWAA), která byla tehdy stejně jako dnes hlavním orgánem pro volbu hráčů, se rozhodla uspořádat zvláštní volby právě pro jeho zvolení. (Pravděpodobně proto, že se vědělo, že Gehrig umírá, a voliči ho chtěli zvolit, dokud ještě žije.)
Po Clementeho smrti udělala BBWAA pro Clementeho výjimku z pětileté čekací doby. Výjimka udělená Clementemu je nyní pravidlem - hráč, který zemře v době, kdy byl aktivní, nebo do pěti let od svého odchodu do důchodu, se stává způsobilým pro volbu šest měsíců po své smrti (za předpokladu, že hrál alespoň 10 let v Major League Baseball).
Clemente se hodně věnoval charitativní činnosti, zejména v latinskoamerických zemích; jak je uvedeno výše, zemřel na charitativní misi v Latinské Americe. MLB každoročně uděluje cenu Roberto Clemente Award. Toto ocenění je určeno hráči, který nejlépe následuje Clementeho příklad v charitativní činnosti.
V roce 1973 byl Clemente vyznamenán Zlatou medailí Kongresu a první prezidentskou medailí pro občany. Dne 17. srpna 1984 vydala Poštovní služba Spojených států amerických poštovní známku na počest Clementeho. Stalo se tak den před jeho padesátými narozeninami.