Existuje také karetní hra Pokémon. Hráči používají karty Pokémonů k vzájemným soubojům a sbírají je otevíráním balíčků. Existují také živé turnaje pořádané společností Nintendo. Poškození pokémonů se počítá pomocí "počítadel poškození" nebo předmětů, které se umisťují na karty a sledují poškození. Po sečtení všech čísel na počítadlech poškození je odečtete od HP (bodů zdraví) karty a zjistíte, kolik HP zbývá. V balíčku hráče je pouze 60 karet a šest z nich je odloženo na hromádku zvanou "karty odměn". Poté, co jeden z hráčů vyřadí soupeřovu kartu, vezme si poražený hráč pouze jednu kartu výhry, která je lícem dolů, pro Pokémony, kteří nejsou EX. Mezitím, když někdo omdlí EX Pokémona, získá dvě výherní karty. Každý hráč má jednu odhazovací hromádku, kam se odkládají omdlení Pokémoni. Některé způsoby, jak vyhrát, jsou vzít si všechny karty odměn a/nebo donutit soupeře, aby si vzal všechny své karty.
Existují karty navržené jako různí Pokémoni, kteří k použití útoků obvykle potřebují karty "energie". Existují také karty "Trenérů", které slouží k dalším věcem kromě přímých útoků na Pokémony, například k tomu, aby měli Pokémoni více HP. Většina fanoušků série se shoduje na tom, že dobrý balíček se skládá přibližně z dvaceti karet "Pokémonů", dvaceti karet "Energie" a dvaceti karet "Trenérů".
Hráči si mohou vyvinout svého aktivního pokémona nebo pokémona na lavičce. Lavička je místo, které může obsahovat Pokémony, a tito Pokémoni mohou být vyvinuti pomocí své evoluční karty. Aktivní Pokémoni se mohou také vyvíjet, ale mohou také používat útoky. Chcete-li vyvinout Pokémona, stačí na něj položit jeho evoluční kartu.
Všechny karty Pokémonů mají typy. Typ ovlivňuje účinnost útoku. Například určitá karta Pikachu typu blesk může použít útok, který normálně způsobuje 80 poškození. Pokud ho Pikachu použije proti Pokémonovi se slabostí +20 k Světelnému útoku, přidáte k normálnímu poškození dalších 20, takže dosáhne 100 poškození. Typy mohou také snížit účinnost.
V karetní hře existuje také speciální druh Pokémonů, který se nazývá "EX" Pokémon. Pokémoni EX a GX jsou silnější než běžní Pokémoni, ale když jsou vyřazeni, soupeř hráče si táhne dvě své výherní karty (u běžných Pokémonů je to jen jedna.) Také existuje další speciální typ Pokémonů v karetní obchodní hře nazvaný "Delta Species" Pokémoni, kteří mají jiné typy než typické karty, jako například elektrický typ Charmandera, který je obvykle ohnivý typ. V rozšíření obchodní karetní hry "Diamond & Pearl" byly zavedeny karty "LV.X". Ty se trochu podobají evolučním kartám, ale lze je použít pouze na aktivní pokémony. V rozšíření "HeartGold & SoulSilver" vydala společnost The Pokémon Company nové karty, tzv. karty LEGEND. Karty LEGEND jsou dvě samostatně prodávané karty, které po spojení tvoří jeden obrázek. Lze je použít pouze tehdy, když jsou obě karty, z nichž jsou složeny, přiloženy k sobě; samostatně fungovat nemohou.