Národní univerzita San Marcos byla založena 12. května 1551 v Limě (
Peru) jako "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Skutečná univerzita města králů)
španělským císařem Carlosem I.. Byla to první univerzita oficiálně založená (královským dekretem) v
Americe. Jejím prvním rektorem byl Juan Bautista de la Roca. V prvních letech existence byla klášterní institucí. V roce 1571 byl jejím prvním světským rektorem Pedro Fernández Valenzuela. Dne 17. září 1574 bylo zvoleno jméno evangelisty "San Marcos" (Svatý Marek) jako oficiální název pro hlavní univerzitu místokrálovství Peru.
Univerzita San Marcos začala své třídy se studiem teologie a umění, po několika letech to byly zavedeny studie práva a medicíny. Sekularizaci univerzity napomohl peruánský místokrál Francisco de Toledo, rektorem pak bylo možné zvolit věřícího nebo světskou osobu. V průběhu 18. století začalo mnoho latinskoamerických intelektuálů z univerzity San Marcos kritizovat koloniální systém. San Marcos a vysoké školy San Carlos a San Fernando (po začlenění do univerzity) byly pod dohledem místokrále.
V době emancipace byla univerzita velmi důležitou postavou pro hnutí za nezávislost. V roce 1822 se v kapli univerzity San Marcos konal první ústavodárný kongres Peru. V průběhu 19. století se univerzita vrátila do své lokality známé jako "Casona", která se nachází vedle univerzitního parku. Až do roku 1946 se univerzita obvykle nazývala Univerzita v Limě, v tomto roce pak byl její název oficiálně stanoven jako "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Národní univerzita San Marcos). V roce 1951 byl v rámci oslav 400. výročí jejího založení otevřen Stadion Univerzity San Marcos.
V současné době má Univerzita San Marcos 20 fakult a 62 akademických škol a je jedinou peruánskou univerzitou, která nabízí studium v hlavních oblastech vědění (podle kritérií UNESCO). San Marcos je považována za hlavní peruánskou univerzitu, protože se významně podílela na historii Peru a má významné absolventy a vyučující. Je to jediná peruánská univerzita, mezi jejímiž absolventy je nositel Nobelovy ceny Mario Vargas Llosa.