Národní univerzita San Marcos (španělsky Universidad Nacional Mayor de San Marcos, UNMSM) je veřejná univerzita v Limě v Peru. Byla založena 12. května 1551. Je první a nejvýznamnější univerzitou v Peru a nejstarší univerzitou v Americe. Univerzita San Marcos má 20 fakult a 62 akademických škol. Studuje na ní 28 645 studentů bakalářského studia a 3 447 studentů magisterského studia. Národní univerzita San Marcos má mnoho významných studentů a absolventů, včetně jediného peruánského nositele Nobelovy ceny Maria Vargase Llosy. Z akademického hlediska se Univerzita San Marcos řadí na první místo v Peru.